109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3436 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 463 aa  917    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  62.72 
 
 		 462 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  43.74 
 
 		 481 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 480 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  42.98 
 
 		 480 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 482 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 483 aa  364  1e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  42.34 
 
 		 480 aa  362  9e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 483 aa  359  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 488 aa  341  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.23 
 
 		 481 aa  332  1e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  42.26 
 
 		 479 aa  323  5e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 464 aa  318  9e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  42.07 
 
 		 477 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 476 aa  303  3.0000000000000004e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  41.36 
 
 		 472 aa  298  9e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  38.66 
 
 		 472 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  35.91 
 
 		 472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  36.48 
 
 		 470 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 491 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  37.39 
 
 		 474 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.53 
 
 		 483 aa  283  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  35.7 
 
 		 470 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 470 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 477 aa  276  5e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 468 aa  270  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  36.13 
 
 		 477 aa  269  7e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  36.13 
 
 		 477 aa  269  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  38.51 
 
 		 490 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.47 
 
 		 474 aa  267  4e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  35.47 
 
 		 476 aa  266  7e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  36.54 
 
 		 467 aa  265  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 491 aa  264  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  35.08 
 
 		 475 aa  263  4e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  35.13 
 
 		 466 aa  261  2e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 490 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 490 aa  259  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 471 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 464 aa  257  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 470 aa  256  6e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 470 aa  256  6e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  36.42 
 
 		 483 aa  255  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  36.78 
 
 		 524 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  35.5 
 
 		 466 aa  254  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 469 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  33.61 
 
 		 482 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  38.48 
 
 		 469 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 474 aa  249  9e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  34.04 
 
 		 475 aa  249  9e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  38.29 
 
 		 461 aa  247  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.16 
 
 		 469 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  32 
 
 		 475 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 475 aa  240  4e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  32 
 
 		 475 aa  240  4e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  35.5 
 
 		 464 aa  239  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  33.4 
 
 		 477 aa  239  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 474 aa  239  8e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 461 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  34.83 
 
 		 461 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.63 
 
 		 470 aa  238  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  34.11 
 
 		 461 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  34.38 
 
 		 474 aa  236  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  32.04 
 
 		 475 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  38.52 
 
 		 455 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  36.98 
 
 		 461 aa  230  3e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 474 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  33.76 
 
 		 475 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 		 469 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 469 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  33.62 
 
 		 474 aa  219  6e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  34.73 
 
 		 471 aa  212  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 473 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 506 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  32.4 
 
 		 484 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 495 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  45.9 
 
 		 149 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  24.82 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  27.41 
 
 		 431 aa  68.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  25.31 
 
 		 488 aa  66.6  0.0000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 490 aa  64.7  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.45 
 
 		 481 aa  64.7  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  22.61 
 
 		 504 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  25.25 
 
 		 504 aa  63.5  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  24.16 
 
 		 495 aa  62.8  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  21.25 
 
 		 491 aa  60.5  0.00000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  23.35 
 
 		 500 aa  60.5  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  22.31 
 
 		 490 aa  60.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.24 
 
 		 489 aa  57  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.42 
 
 		 493 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  22.05 
 
 		 478 aa  54.3  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  20.66 
 
 		 496 aa  53.5  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 117 aa  52.4  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  24.76 
 
 		 513 aa  50.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  20.87 
 
 		 488 aa  50.1  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  23.68 
 
 		 505 aa  49.7  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 504 aa  48.9  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  24.15 
 
 		 505 aa  49.3  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  21.79 
 
 		 488 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>