99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2531 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 479 aa  969    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 488 aa  651    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 481 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 482 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  47.48 
 
 		 480 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 480 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  47.91 
 
 		 480 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 483 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 483 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  44.54 
 
 		 481 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  43.28 
 
 		 468 aa  362  8e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 463 aa  339  7e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 474 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 490 aa  335  1e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 462 aa  335  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  41.94 
 
 		 467 aa  334  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  42.71 
 
 		 477 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 474 aa  330  3e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  40.09 
 
 		 477 aa  325  8.000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  40.08 
 
 		 475 aa  325  1e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  39.87 
 
 		 477 aa  322  8e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  39.04 
 
 		 472 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  41.44 
 
 		 524 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.53 
 
 		 483 aa  320  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.84 
 
 		 476 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 470 aa  317  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 491 aa  317  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 472 aa  317  4e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  38.57 
 
 		 470 aa  316  7e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 490 aa  315  8e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 470 aa  313  4.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 490 aa  312  7.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  39.46 
 
 		 482 aa  312  7.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 464 aa  312  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  39.5 
 
 		 475 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  38.19 
 
 		 466 aa  308  1.0000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.4 
 
 		 469 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  37.76 
 
 		 472 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 469 aa  308  2.0000000000000002e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 474 aa  306  6e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 471 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  38.84 
 
 		 475 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 476 aa  304  3.0000000000000004e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 475 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  38.84 
 
 		 475 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  39.37 
 
 		 464 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 491 aa  295  9e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  41.04 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  39.7 
 
 		 461 aa  292  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 477 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 461 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  38.57 
 
 		 461 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 470 aa  289  7e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 470 aa  289  7e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  37.63 
 
 		 475 aa  289  8e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  38.78 
 
 		 461 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  36.97 
 
 		 474 aa  288  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 469 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  37.19 
 
 		 483 aa  282  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  37.53 
 
 		 474 aa  282  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 469 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 474 aa  280  3e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 486 aa  280  5e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  38.62 
 
 		 470 aa  277  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 469 aa  276  5e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 471 aa  276  9e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  36.15 
 
 		 466 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 473 aa  270  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  39.5 
 
 		 455 aa  267  2.9999999999999995e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  37.08 
 
 		 474 aa  265  1e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 506 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.98 
 
 		 475 aa  264  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  36.38 
 
 		 484 aa  260  4e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 461 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 495 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  45.99 
 
 		 149 aa  132  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.45 
 
 		 481 aa  65.5  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  30.93 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.13 
 
 		 493 aa  61.6  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  21.06 
 
 		 491 aa  60.1  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 443 aa  60.1  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.77 
 
 		 490 aa  59.7  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 428 aa  58.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  24.94 
 
 		 504 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 490 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  22.78 
 
 		 478 aa  51.6  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.07 
 
 		 489 aa  50.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  25.64 
 
 		 431 aa  49.7  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 505 aa  49.7  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 131 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  23.21 
 
 		 488 aa  45.1  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  37.21 
 
 		 428 aa  44.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3185  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 421 aa  43.5  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 273 aa  43.5  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 180 aa  43.5  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3404  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 424 aa  43.5  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>