51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0680 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4705  transcriptional regulator, putative  77.82 
 
 		 503 aa  806    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000799  predicted transcriptional regulator  73.45 
 
 		 467 aa  695    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4239  transcriptional regulator, XRE family  77.73 
 
 		 510 aa  815    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  71.37 
 
 		 504 aa  756    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3044  XRE family transcriptional regulator  76.1 
 
 		 513 aa  793    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.439446  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  77.34 
 
 		 509 aa  813    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2004  XRE family transcriptional regulator  75.84 
 
 		 511 aa  802    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.447226  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1608  XRE family transcriptional regulator  77.43 
 
 		 510 aa  822    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.118934 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06696  hypothetical protein  73.01 
 
 		 467 aa  692    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  77.53 
 
 		 510 aa  816    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  72.58 
 
 		 508 aa  768    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  74.95 
 
 		 505 aa  778    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  77.56 
 
 		 509 aa  809    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  72.55 
 
 		 510 aa  759    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0106  XRE family transcriptional regulator  77.73 
 
 		 509 aa  814    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  68.06 
 
 		 518 aa  715    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 504 aa  1048    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  76.94 
 
 		 510 aa  810    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  76.25 
 
 		 508 aa  804    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  76.94 
 
 		 510 aa  810    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  76.94 
 
 		 510 aa  811    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  73.03 
 
 		 511 aa  773    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1175  hypothetical protein  75 
 
 		 62 aa  87.4  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  25.16 
 
 		 505 aa  61.2  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  22.33 
 
 		 476 aa  57  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  40.54 
 
 		 200 aa  54.3  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 491 aa  53.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 490 aa  51.6  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  22.43 
 
 		 495 aa  51.2  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.26 
 
 		 481 aa  50.8  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 204 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 105 aa  48.9  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  22.64 
 
 		 500 aa  48.5  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  26.4 
 
 		 505 aa  48.1  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  22.4 
 
 		 504 aa  47  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 211 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 211 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 188 aa  45.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0685  TPR repeat-containing protein  35.63 
 
 		 436 aa  45.1  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105073  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4546  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 140 aa  44.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000650042  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  21.68 
 
 		 488 aa  44.3  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  22.65 
 
 		 370 aa  44.3  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  21.12 
 
 		 496 aa  44.3  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 403 aa  43.9  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 403 aa  43.9  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 199 aa  43.5  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 503 aa  43.5  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  30.68 
 
 		 192 aa  43.5  0.009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 477 aa  43.5  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>