159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4054 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  81.99 
 
 		 483 aa  835    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  94.18 
 
 		 481 aa  928    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  89.4 
 
 		 480 aa  886    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  100 
 
 		 480 aa  981    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  84.68 
 
 		 483 aa  853    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  83.61 
 
 		 482 aa  843    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  95 
 
 		 480 aa  949    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  50.74 
 
 		 488 aa  506  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  50.11 
 
 		 481 aa  467  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  47.91 
 
 		 479 aa  438  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  45.13 
 
 		 477 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  42.58 
 
 		 474 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 476 aa  382  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  41.85 
 
 		 476 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 464 aa  372  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  41.44 
 
 		 472 aa  371  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 470 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 477 aa  369  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  42.07 
 
 		 477 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 477 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 468 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  41.65 
 
 		 477 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  41.44 
 
 		 467 aa  360  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  41.19 
 
 		 483 aa  358  9.999999999999999e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 490 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  40.52 
 
 		 472 aa  357  3.9999999999999996e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 470 aa  354  2e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  41.24 
 
 		 466 aa  353  5e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  40.43 
 
 		 470 aa  351  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  40.25 
 
 		 474 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 474 aa  349  7e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 463 aa  346  4e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  39.39 
 
 		 475 aa  346  6e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  43.95 
 
 		 469 aa  345  1e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  42.8 
 
 		 472 aa  344  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  39.32 
 
 		 475 aa  341  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  41.23 
 
 		 524 aa  339  5.9999999999999996e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 474 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  43.22 
 
 		 470 aa  336  5e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  38.75 
 
 		 482 aa  336  5.999999999999999e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 491 aa  333  4e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 490 aa  333  5e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 475 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  38.82 
 
 		 475 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  38.82 
 
 		 475 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  40.04 
 
 		 466 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 469 aa  325  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  41.47 
 
 		 483 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  37.42 
 
 		 464 aa  323  3e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  37.84 
 
 		 475 aa  323  4e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 490 aa  323  4e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 462 aa  322  8e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 474 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 491 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  40.64 
 
 		 469 aa  320  3e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 470 aa  319  7e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 470 aa  319  7e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  41.47 
 
 		 471 aa  318  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  40.97 
 
 		 461 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  37.24 
 
 		 486 aa  317  4e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 474 aa  308  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 461 aa  307  3e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  37.58 
 
 		 461 aa  307  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  39.28 
 
 		 469 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  36.93 
 
 		 461 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  38.94 
 
 		 474 aa  300  4e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  39.7 
 
 		 469 aa  297  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 473 aa  296  5e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  37.2 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  39.64 
 
 		 461 aa  294  3e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 477 aa  291  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  39.74 
 
 		 484 aa  290  4e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 506 aa  287  2.9999999999999996e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  36.85 
 
 		 495 aa  256  8e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  50.37 
 
 		 149 aa  153  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  24.95 
 
 		 431 aa  106  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 443 aa  87.4  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.75 
 
 		 428 aa  87  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  27.14 
 
 		 428 aa  83.2  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 428 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.22 
 
 		 481 aa  79.7  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.42 
 
 		 490 aa  73.2  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  23.61 
 
 		 504 aa  73.2  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 440 aa  68.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  23.37 
 
 		 495 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0387  transcriptional regulator, XRE family  27.02 
 
 		 486 aa  68.2  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.612976  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24.75 
 
 		 505 aa  68.2  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  22.93 
 
 		 478 aa  68.2  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 490 aa  67.8  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  21.02 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24.25 
 
 		 488 aa  66.6  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  26.78 
 
 		 513 aa  62.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  24.35 
 
 		 504 aa  61.6  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  20.72 
 
 		 491 aa  61.6  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.23 
 
 		 489 aa  60.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  40.58 
 
 		 428 aa  54.7  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 488 aa  52.4  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>