85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1785 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
428 aa  826    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  49.65 
 
 
428 aa  325  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  49.07 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  49.07 
 
 
428 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  46.42 
 
 
443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  43.68 
 
 
431 aa  296  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  38.39 
 
 
440 aa  214  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  25.42 
 
 
475 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  25.42 
 
 
475 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  25.21 
 
 
475 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  26.23 
 
 
475 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  25.85 
 
 
475 aa  95.9  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  24.52 
 
 
466 aa  93.6  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  26.48 
 
 
464 aa  91.3  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  26.61 
 
 
482 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  24.95 
 
 
474 aa  89  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  26.26 
 
 
475 aa  89  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 
490 aa  87  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  29.16 
 
 
464 aa  86.7  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 
474 aa  86.7  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  26.05 
 
 
461 aa  86.3  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
461 aa  86.3  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  25.59 
 
 
480 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  24.95 
 
 
472 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 
483 aa  84  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  25.21 
 
 
486 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 
483 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 
474 aa  82  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  28.82 
 
 
461 aa  82  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  26.57 
 
 
483 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  25.61 
 
 
461 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  26.57 
 
 
472 aa  80.5  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  26.57 
 
 
470 aa  80.5  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  24.79 
 
 
466 aa  80.5  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 
474 aa  79.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  26.26 
 
 
470 aa  76.6  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  28.88 
 
 
524 aa  76.3  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  24.89 
 
 
477 aa  74.3  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  25.47 
 
 
474 aa  73.2  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  23.99 
 
 
474 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  26.91 
 
 
464 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  23.63 
 
 
471 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  27.45 
 
 
484 aa  70.9  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 
476 aa  67.8  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  24.28 
 
 
472 aa  64.7  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  25.68 
 
 
461 aa  64.3  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  28.51 
 
 
470 aa  62.4  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
470 aa  61.6  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  26 
 
 
469 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.98 
 
 
469 aa  60.5  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  27.04 
 
 
469 aa  60.1  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  26.44 
 
 
470 aa  59.3  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  26.65 
 
 
483 aa  59.3  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  26.44 
 
 
470 aa  59.3  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 
477 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
481 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  36.36 
 
 
480 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
480 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  34.45 
 
 
482 aa  57.4  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 
477 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  26.71 
 
 
477 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  41.1 
 
 
476 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  27.33 
 
 
455 aa  55.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 
471 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
491 aa  55.1  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  32 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  34.68 
 
 
490 aa  53.9  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  34.68 
 
 
490 aa  53.9  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 
477 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  26.21 
 
 
481 aa  53.9  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  33.03 
 
 
506 aa  51.6  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
469 aa  51.6  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 
491 aa  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
469 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  26.52 
 
 
468 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  41.89 
 
 
475 aa  48.5  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  35.06 
 
 
467 aa  48.9  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 
108 aa  48.5  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  40.98 
 
 
477 aa  47.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
901 aa  47  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
488 aa  45.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2867  histidine kinase  36.51 
 
 
305 aa  43.5  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
104 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
104 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
104 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0670515 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>