106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1217 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 495 aa  989    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 506 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 473 aa  565  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 469 aa  428  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 474 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 491 aa  418  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  45.86 
 
 		 464 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 477 aa  408  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  45.11 
 
 		 472 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  44.8 
 
 		 472 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 470 aa  391  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 461 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  45.82 
 
 		 461 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  43.95 
 
 		 470 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  45.26 
 
 		 474 aa  391  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  45.2 
 
 		 464 aa  385  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  45.4 
 
 		 461 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  43.13 
 
 		 477 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  44.47 
 
 		 466 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  43.55 
 
 		 484 aa  339  7e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 490 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  41.15 
 
 		 490 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  40.59 
 
 		 474 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  43.16 
 
 		 469 aa  324  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  41.45 
 
 		 483 aa  323  3e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 470 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 490 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  40.04 
 
 		 471 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 477 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 474 aa  309  8e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 477 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  38.77 
 
 		 474 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  38.48 
 
 		 475 aa  306  4.0000000000000004e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  38.49 
 
 		 524 aa  302  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 480 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  37.39 
 
 		 475 aa  300  5e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  37.29 
 
 		 475 aa  299  7e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  38.69 
 
 		 481 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 466 aa  296  4e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 483 aa  296  6e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 481 aa  294  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.03 
 
 		 476 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  37.39 
 
 		 486 aa  293  4e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 483 aa  292  8e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  36.95 
 
 		 482 aa  292  1e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 475 aa  290  3e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  40.72 
 
 		 461 aa  291  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  36.79 
 
 		 475 aa  290  3e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  39.79 
 
 		 477 aa  290  5.0000000000000004e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  36.58 
 
 		 475 aa  289  7e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  37.68 
 
 		 474 aa  288  1e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  36.85 
 
 		 480 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 		 480 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  39.15 
 
 		 471 aa  283  5.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 476 aa  270  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  33.69 
 
 		 468 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  35.78 
 
 		 467 aa  266  8e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 475 aa  264  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 461 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 488 aa  259  9e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 464 aa  258  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  38.39 
 
 		 455 aa  256  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.32 
 
 		 470 aa  249  9e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  35.33 
 
 		 472 aa  247  4e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  36.09 
 
 		 479 aa  240  4e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 491 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  35.97 
 
 		 469 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  33.48 
 
 		 483 aa  233  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 470 aa  228  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 470 aa  228  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 474 aa  223  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  35.12 
 
 		 469 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  34.9 
 
 		 469 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 462 aa  193  8e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 463 aa  182  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  38.35 
 
 		 149 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 431 aa  94.7  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  26.39 
 
 		 478 aa  80.9  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 428 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.17 
 
 		 481 aa  74.3  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 		 504 aa  68.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 443 aa  67.4  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 490 aa  66.2  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  26.22 
 
 		 490 aa  62  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  25.31 
 
 		 488 aa  60.1  0.00000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  27.3 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 491 aa  56.6  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.59 
 
 		 489 aa  55.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  20.95 
 
 		 491 aa  53.9  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  22.84 
 
 		 504 aa  53.5  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 440 aa  52.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24.51 
 
 		 488 aa  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  23.1 
 
 		 503 aa  52  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  25.42 
 
 		 488 aa  51.2  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  21.22 
 
 		 493 aa  50.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25.57 
 
 		 505 aa  49.3  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>