154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1028 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 464 aa  933    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  63.03 
 
 		 472 aa  549  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 491 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 480 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 482 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 481 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  42.71 
 
 		 480 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  43.91 
 
 		 483 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 483 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  42.32 
 
 		 480 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 488 aa  349  5e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  42.77 
 
 		 481 aa  342  7e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  40.17 
 
 		 483 aa  333  4e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  39.16 
 
 		 472 aa  315  9e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 470 aa  313  2.9999999999999996e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  38.17 
 
 		 472 aa  313  4.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  37.31 
 
 		 470 aa  307  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  40.04 
 
 		 477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 463 aa  305  8.000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 469 aa  305  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 470 aa  302  7.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 470 aa  302  7.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  40.55 
 
 		 470 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  39.23 
 
 		 476 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 474 aa  299  5e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  39.16 
 
 		 483 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  37.53 
 
 		 474 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 477 aa  296  7e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  37.47 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 466 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 479 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 491 aa  293  6e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 471 aa  292  8e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  40.09 
 
 		 477 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  39.87 
 
 		 477 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 477 aa  289  8e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  37.1 
 
 		 475 aa  288  2e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 470 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 464 aa  285  9e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.47 
 
 		 469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 476 aa  285  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  37.15 
 
 		 474 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  39.79 
 
 		 469 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  36.13 
 
 		 468 aa  283  5.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  38.95 
 
 		 524 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 474 aa  279  9e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  36.23 
 
 		 474 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  36.17 
 
 		 482 aa  276  5e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 474 aa  276  8e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  39.03 
 
 		 469 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 490 aa  274  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  36.25 
 
 		 461 aa  273  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  38.68 
 
 		 469 aa  272  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  36.81 
 
 		 467 aa  272  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.86 
 
 		 475 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 461 aa  270  5e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  35.27 
 
 		 475 aa  270  5e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  35.82 
 
 		 461 aa  270  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  35.08 
 
 		 475 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 506 aa  269  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 462 aa  269  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  35.08 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  37.76 
 
 		 490 aa  268  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 490 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  36.27 
 
 		 464 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 473 aa  262  8.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  34.53 
 
 		 475 aa  261  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  37.63 
 
 		 484 aa  256  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  35.08 
 
 		 474 aa  254  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  33.19 
 
 		 486 aa  249  9e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  37.85 
 
 		 455 aa  246  6.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  37.67 
 
 		 461 aa  243  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  35.7 
 
 		 471 aa  242  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 461 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  44.96 
 
 		 149 aa  118  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.87 
 
 		 431 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.7 
 
 		 481 aa  97.1  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  25.06 
 
 		 490 aa  88.6  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 490 aa  87.4  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.94 
 
 		 488 aa  87.8  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  26.22 
 
 		 478 aa  85.9  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  27.88 
 
 		 489 aa  83.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.14 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  26.68 
 
 		 504 aa  82.4  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  23.49 
 
 		 495 aa  79  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24.14 
 
 		 488 aa  78.6  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 443 aa  75.5  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 428 aa  73.2  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  24.51 
 
 		 503 aa  71.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25.66 
 
 		 505 aa  71.2  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  27.21 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0387  transcriptional regulator, XRE family  27.01 
 
 		 486 aa  67.4  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.612976  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  26.34 
 
 		 488 aa  63.9  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  25 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  45.07 
 
 		 117 aa  55.1  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>