195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2007 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
471 aa  949    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  56.93 
 
 
475 aa  547  1e-154  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  54.22 
 
 
474 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  53.18 
 
 
490 aa  501  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  53.08 
 
 
466 aa  491  9.999999999999999e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  51.89 
 
 
474 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  52.89 
 
 
482 aa  489  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  54.01 
 
 
474 aa  486  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 
475 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  51.67 
 
 
475 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  53.14 
 
 
475 aa  488  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  51.67 
 
 
475 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  52.53 
 
 
475 aa  487  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 
471 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  52.12 
 
 
470 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 
490 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  53.42 
 
 
490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  50.53 
 
 
461 aa  441  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  51.24 
 
 
524 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  48.41 
 
 
486 aa  434  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  47.75 
 
 
474 aa  414  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  45.75 
 
 
461 aa  368  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  42.64 
 
 
491 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  43.91 
 
 
477 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  42.83 
 
 
464 aa  364  2e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 
469 aa  362  8e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  41.14 
 
 
472 aa  355  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
477 aa  355  1e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  42.24 
 
 
481 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  45.48 
 
 
455 aa  351  1e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  42.21 
 
 
477 aa  351  2e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  42.98 
 
 
461 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  42.98 
 
 
461 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  43.62 
 
 
461 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  41.68 
 
 
480 aa  350  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  42.21 
 
 
477 aa  347  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.47 
 
 
480 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  44.63 
 
 
481 aa  346  5e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  41.47 
 
 
480 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  42.15 
 
 
476 aa  340  2.9999999999999998e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  40.09 
 
 
483 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  40.21 
 
 
477 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  40.99 
 
 
483 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  38.64 
 
 
470 aa  332  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  39.07 
 
 
472 aa  333  6e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  39.07 
 
 
470 aa  332  9e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.2 
 
 
483 aa  332  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 
482 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  41.4 
 
 
464 aa  327  4.0000000000000003e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  39.7 
 
 
488 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 
473 aa  323  5e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  39.29 
 
 
474 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 
474 aa  317  4e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  38.7 
 
 
466 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  40.09 
 
 
484 aa  312  5.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.1 
 
 
469 aa  307  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  37.47 
 
 
468 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  41.61 
 
 
476 aa  305  1.0000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  40.04 
 
 
506 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  38.25 
 
 
475 aa  299  9e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  39.63 
 
 
477 aa  295  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  38.72 
 
 
495 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  37.94 
 
 
467 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 
479 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  38.21 
 
 
472 aa  260  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  35.99 
 
 
464 aa  254  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  36.38 
 
 
474 aa  247  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  36.93 
 
 
491 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  34.54 
 
 
470 aa  243  7e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  34.54 
 
 
470 aa  243  7e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.33 
 
 
483 aa  242  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  35.48 
 
 
470 aa  238  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  35.48 
 
 
469 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  36.32 
 
 
462 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  34.76 
 
 
463 aa  217  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
469 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  33.76 
 
 
469 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  44.12 
 
 
149 aa  120  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  24.4 
 
 
431 aa  91.3  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.54 
 
 
443 aa  86.7  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 
428 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  26.57 
 
 
428 aa  73.2  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  26.35 
 
 
428 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 
505 aa  71.2  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  25.95 
 
 
504 aa  68.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.19 
 
 
488 aa  62.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  24.27 
 
 
503 aa  62  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  28.06 
 
 
440 aa  59.7  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  25.46 
 
 
505 aa  58.9  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.34 
 
 
504 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  42.68 
 
 
300 aa  58.2  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.83 
 
 
493 aa  58.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 
428 aa  54.7  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  23.23 
 
 
488 aa  54.3  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  21.95 
 
 
500 aa  53.9  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
433 aa  53.9  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  20.33 
 
 
491 aa  53.5  0.000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  23.63 
 
 
490 aa  53.5  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  22.62 
 
 
490 aa  52.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  22.17 
 
 
478 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>