99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3788 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 477 aa  970    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 477 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  47.36 
 
 		 474 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 469 aa  426  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  45.8 
 
 		 464 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  45.89 
 
 		 472 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  45.34 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  46.61 
 
 		 461 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 474 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  46.44 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  44.07 
 
 		 470 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 470 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  42.95 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 473 aa  391  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  44.07 
 
 		 464 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 470 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 506 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  42.89 
 
 		 466 aa  362  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  40.76 
 
 		 474 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  41.19 
 
 		 475 aa  348  1e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 495 aa  345  8e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  41.15 
 
 		 524 aa  343  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 474 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 471 aa  340  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 490 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  41.96 
 
 		 474 aa  335  1e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  40.17 
 
 		 475 aa  332  7.000000000000001e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  39.88 
 
 		 474 aa  331  1e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 477 aa  332  1e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  38.84 
 
 		 477 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  39.67 
 
 		 482 aa  330  4e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 477 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.12 
 
 		 483 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  38.95 
 
 		 475 aa  327  4.0000000000000003e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 490 aa  326  6e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 490 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  38.91 
 
 		 475 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  39.75 
 
 		 466 aa  324  2e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  38.91 
 
 		 475 aa  323  3e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 475 aa  323  3e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.94 
 
 		 476 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  40.25 
 
 		 484 aa  318  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  39.07 
 
 		 481 aa  318  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  37.95 
 
 		 486 aa  318  2e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  41.09 
 
 		 477 aa  317  4e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  40.21 
 
 		 471 aa  312  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  42.01 
 
 		 455 aa  305  8.000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  39.7 
 
 		 461 aa  305  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 481 aa  299  9e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 483 aa  296  7e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  39.04 
 
 		 469 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 483 aa  291  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  35.48 
 
 		 480 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  35.27 
 
 		 480 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 482 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 480 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 464 aa  282  9e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 468 aa  279  8e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 461 aa  278  2e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 488 aa  275  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 476 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  37.76 
 
 		 479 aa  263  6e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  35.81 
 
 		 472 aa  262  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.19 
 
 		 475 aa  256  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.54 
 
 		 470 aa  249  9e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  34.25 
 
 		 467 aa  249  9e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 470 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 470 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.21 
 
 		 483 aa  242  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 474 aa  240  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 469 aa  239  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 491 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  33.97 
 
 		 469 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 463 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  33.97 
 
 		 469 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 462 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  46.92 
 
 		 149 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  25.53 
 
 		 431 aa  96.7  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  25.16 
 
 		 428 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 443 aa  69.7  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 428 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.68 
 
 		 428 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  21.54 
 
 		 491 aa  59.7  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 490 aa  59.3  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.64 
 
 		 478 aa  58.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  24.44 
 
 		 493 aa  57.4  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  28.1 
 
 		 428 aa  55.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.63 
 
 		 489 aa  53.5  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24 
 
 		 488 aa  51.6  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  21.92 
 
 		 481 aa  50.4  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  23.52 
 
 		 504 aa  50.4  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 		 504 aa  49.3  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  22.9 
 
 		 513 aa  47.4  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 124 aa  47  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  21.58 
 
 		 490 aa  47  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25.38 
 
 		 505 aa  46.2  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 210 aa  43.5  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>