145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0818 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  67.73 
 
 		 470 aa  649    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  100 
 
 		 469 aa  939    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  67.73 
 
 		 470 aa  649    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  71.06 
 
 		 470 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  66.88 
 
 		 483 aa  636    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  70.43 
 
 		 469 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  69.15 
 
 		 469 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  62.85 
 
 		 474 aa  587  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 480 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  43.43 
 
 		 481 aa  337  2.9999999999999997e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 481 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  40.64 
 
 		 480 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 482 aa  329  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 480 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 483 aa  324  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 483 aa  323  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 488 aa  302  7.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  40.17 
 
 		 477 aa  296  4e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 477 aa  293  6e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  39.57 
 
 		 476 aa  292  8e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  39.74 
 
 		 477 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 477 aa  289  8e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 491 aa  288  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 476 aa  282  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.47 
 
 		 464 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  36.44 
 
 		 474 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 490 aa  271  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  37.8 
 
 		 467 aa  271  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  36.32 
 
 		 483 aa  270  5e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  36.69 
 
 		 468 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.31 
 
 		 469 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 471 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 474 aa  263  6e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 474 aa  263  6e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 469 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 470 aa  261  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  34.89 
 
 		 472 aa  259  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  37.15 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 464 aa  259  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  38.27 
 
 		 479 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  35.03 
 
 		 470 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 470 aa  256  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  36.44 
 
 		 472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  35.03 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  39.87 
 
 		 461 aa  253  5.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  35.59 
 
 		 475 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 466 aa  251  1e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  37.53 
 
 		 490 aa  252  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 475 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  35.59 
 
 		 475 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  35.92 
 
 		 461 aa  251  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 474 aa  250  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  35.49 
 
 		 482 aa  250  5e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  37.87 
 
 		 472 aa  248  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  34.04 
 
 		 475 aa  246  6e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 461 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  35.1 
 
 		 461 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 490 aa  246  9e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.01 
 
 		 475 aa  245  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  35.5 
 
 		 524 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 466 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  35.17 
 
 		 477 aa  239  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  37.63 
 
 		 464 aa  239  6.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  34.68 
 
 		 474 aa  237  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 506 aa  234  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 491 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 463 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  33.96 
 
 		 475 aa  233  8.000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  37.47 
 
 		 484 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 473 aa  229  9e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 486 aa  225  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 462 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  35.7 
 
 		 471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 495 aa  210  5e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  33.41 
 
 		 461 aa  201  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  33.79 
 
 		 455 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  32.27 
 
 		 474 aa  193  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 149 aa  94.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 443 aa  81.3  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 490 aa  60.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.82 
 
 		 481 aa  58.5  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.71 
 
 		 488 aa  58.5  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 428 aa  58.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  29.86 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  31 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 		 503 aa  54.3  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  27.85 
 
 		 504 aa  53.1  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 440 aa  53.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 428 aa  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 194 aa  51.6  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 397 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 397 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 197 aa  51.2  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  46.67 
 
 		 201 aa  50.8  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 199 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.69 
 
 		 490 aa  50.1  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 195 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 200 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 191 aa  48.5  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>