151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3598 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
477 aa  981    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  53.56 
 
 
474 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  50.53 
 
 
472 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  49.68 
 
 
470 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  49.68 
 
 
472 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  49.47 
 
 
470 aa  461  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  48.41 
 
 
469 aa  456  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  48.63 
 
 
477 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  50.21 
 
 
474 aa  445  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  48.31 
 
 
491 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
461 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  49.16 
 
 
461 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  48.73 
 
 
461 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  47.67 
 
 
464 aa  435  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  47.36 
 
 
464 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  45.97 
 
 
466 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 
506 aa  407  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  45.89 
 
 
473 aa  403  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  44.49 
 
 
471 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  43.57 
 
 
474 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 
474 aa  385  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  42.58 
 
 
475 aa  375  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  42.02 
 
 
481 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  42.41 
 
 
480 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  42.44 
 
 
483 aa  371  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  42.38 
 
 
470 aa  372  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.96 
 
 
483 aa  366  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  42.23 
 
 
480 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  40.08 
 
 
474 aa  365  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
480 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  45.49 
 
 
495 aa  365  1e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  44.63 
 
 
524 aa  362  7.0000000000000005e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 
490 aa  359  8e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 
475 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  39.62 
 
 
475 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  39.62 
 
 
475 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  41.81 
 
 
482 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  40.38 
 
 
482 aa  353  4e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 
490 aa  353  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  41.19 
 
 
466 aa  348  2e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 
490 aa  347  2e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  40.08 
 
 
475 aa  345  8e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.79 
 
 
481 aa  343  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  43.91 
 
 
471 aa  339  5.9999999999999996e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  42.37 
 
 
461 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  41.79 
 
 
477 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  38.03 
 
 
468 aa  335  9e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  40.42 
 
 
484 aa  334  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  39.2 
 
 
475 aa  333  4e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  39.21 
 
 
486 aa  332  9e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  38.71 
 
 
474 aa  326  7e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  38.41 
 
 
488 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 
483 aa  318  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  38.66 
 
 
477 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.26 
 
 
469 aa  316  6e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 
477 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  40.29 
 
 
479 aa  309  6.999999999999999e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.49 
 
 
476 aa  309  8e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  39.5 
 
 
476 aa  299  7e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  38.2 
 
 
475 aa  297  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  39.87 
 
 
461 aa  296  7e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 
464 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  41 
 
 
455 aa  288  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  39.52 
 
 
469 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  38.1 
 
 
470 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  37.15 
 
 
474 aa  280  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  37.77 
 
 
472 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  38.23 
 
 
483 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  35.38 
 
 
467 aa  278  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  38.15 
 
 
470 aa  276  8e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  38.15 
 
 
470 aa  276  8e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  39.27 
 
 
469 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 
463 aa  265  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  38.41 
 
 
469 aa  256  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  35.73 
 
 
491 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
462 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  46.27 
 
 
149 aa  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.11 
 
 
431 aa  93.2  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  25.05 
 
 
443 aa  80.5  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  24.14 
 
 
440 aa  71.2  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  22.75 
 
 
504 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.76 
 
 
490 aa  66.2  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.38 
 
 
481 aa  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.82 
 
 
478 aa  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.37 
 
 
489 aa  64.7  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 
428 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  21.13 
 
 
491 aa  62.8  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  23.63 
 
 
504 aa  60.8  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 
428 aa  60.1  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  27.85 
 
 
428 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
300 aa  55.5  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  23.39 
 
 
505 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  26.71 
 
 
428 aa  55.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
101 aa  54.3  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
219 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
219 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
219 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
124 aa  51.6  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  23.63 
 
 
500 aa  51.2  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>