102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4472 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  100 
 
 		 464 aa  931    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  67.82 
 
 		 461 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  66.95 
 
 		 461 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  66.95 
 
 		 461 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 491 aa  594  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  64.87 
 
 		 464 aa  587  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  62.21 
 
 		 469 aa  584  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 470 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  50.85 
 
 		 472 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  51.06 
 
 		 470 aa  461  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  48.83 
 
 		 472 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  47.36 
 
 		 477 aa  422  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  47 
 
 		 474 aa  391  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  47.78 
 
 		 474 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  44.8 
 
 		 466 aa  388  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 473 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 477 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  44.42 
 
 		 506 aa  378  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 471 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  42.8 
 
 		 474 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 495 aa  354  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 490 aa  352  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  43.74 
 
 		 470 aa  341  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  42.04 
 
 		 490 aa  341  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 474 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 490 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  41.01 
 
 		 524 aa  330  5.0000000000000004e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  40.26 
 
 		 475 aa  323  4e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  38.9 
 
 		 475 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  40.25 
 
 		 474 aa  318  1e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  39.61 
 
 		 477 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 477 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  39.02 
 
 		 475 aa  318  2e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  42.37 
 
 		 484 aa  316  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 477 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  38.54 
 
 		 482 aa  311  2e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  38.84 
 
 		 466 aa  311  2e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  41.4 
 
 		 471 aa  309  5e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 483 aa  307  3e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  37.63 
 
 		 475 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 475 aa  306  6e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  37.63 
 
 		 475 aa  306  6e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  38.95 
 
 		 474 aa  303  5.000000000000001e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.92 
 
 		 476 aa  302  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 480 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 482 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 483 aa  298  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 481 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  41.07 
 
 		 461 aa  298  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  38.78 
 
 		 481 aa  296  4e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  37.2 
 
 		 480 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  35.97 
 
 		 468 aa  293  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  37.34 
 
 		 480 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  39.91 
 
 		 477 aa  291  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  36.34 
 
 		 486 aa  291  2e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  37.77 
 
 		 483 aa  288  2e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 488 aa  282  7.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  40.94 
 
 		 461 aa  281  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  39.87 
 
 		 469 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 455 aa  277  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  36.13 
 
 		 467 aa  267  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  41.04 
 
 		 479 aa  268  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 476 aa  266  7e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 464 aa  253  4.0000000000000004e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 		 472 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  37.34 
 
 		 470 aa  234  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 474 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 470 aa  232  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 470 aa  232  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 469 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.32 
 
 		 475 aa  227  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 491 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.28 
 
 		 483 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 463 aa  216  9e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  35.08 
 
 		 469 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 469 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  33.4 
 
 		 462 aa  188  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  46.34 
 
 		 149 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.82 
 
 		 431 aa  97.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  27.97 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  27.23 
 
 		 428 aa  73.2  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 428 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  20.16 
 
 		 491 aa  69.7  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 443 aa  66.6  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.89 
 
 		 481 aa  61.6  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  20.82 
 
 		 493 aa  57  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  23.96 
 
 		 513 aa  57.4  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.64 
 
 		 489 aa  57  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 490 aa  57  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.45 
 
 		 478 aa  54.3  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.59 
 
 		 490 aa  54.3  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  23.59 
 
 		 504 aa  52.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  25.79 
 
 		 503 aa  51.2  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 		 488 aa  50.4  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  28.64 
 
 		 488 aa  48.9  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  23.99 
 
 		 505 aa  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 433 aa  47.8  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 145 aa  47.4  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  20.8 
 
 		 500 aa  47  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>