More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2265 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 433 aa  895    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 432 aa  465  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  31.55 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  33.69 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.02 
 
 		 199 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 182 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.72 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.72 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.72 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.61 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 182 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 208 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 208 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 208 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  26.67 
 
 		 175 aa  77.8  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 182 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 182 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 184 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  26.92 
 
 		 196 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 182 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.11 
 
 		 182 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 199 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 182 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 192 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 199 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 199 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 199 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0301  phosphoenolpyruvate synthase  27.73 
 
 		 862 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 187 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 204 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 181 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 182 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  27.03 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  28.49 
 
 		 178 aa  70.9  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  28.11 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  24.32 
 
 		 197 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  25.54 
 
 		 188 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  24.73 
 
 		 179 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 181 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 196 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 184 aa  68.9  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 181 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 184 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3264  phosphoenolpyruvate synthase  24.9 
 
 		 896 aa  68.2  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.882195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 178 aa  68.2  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  26.09 
 
 		 181 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  24.19 
 
 		 179 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  26.09 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  26.09 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 181 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2024  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.34 
 
 		 881 aa  67.4  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.20058  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.06 
 
 		 181 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.06 
 
 		 181 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  25.54 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  25.54 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 181 aa  66.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0321  phosphoenolpyruvate synthase  24.07 
 
 		 892 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 182 aa  65.9  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 182 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0819  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.32 
 
 		 878 aa  65.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189514 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 184 aa  65.5  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 182 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 201 aa  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 182 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  24.87 
 
 		 205 aa  65.5  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1046  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  22.47 
 
 		 864 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 181 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  27.47 
 
 		 187 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 183 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>