275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9535 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  100 
 
 		 88 aa  176  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  67.06 
 
 		 86 aa  116  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  46.91 
 
 		 86 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 88 aa  67.4  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  43.94 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  46.97 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  51.6  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 76 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.32 
 
 		 80 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 72 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 75 aa  50.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  41.33 
 
 		 113 aa  50.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  37.88 
 
 		 82 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  43.28 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 128 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 176 aa  49.3  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0162  hypothetical protein  41.67 
 
 		 64 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  38.75 
 
 		 370 aa  48.9  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  37.93 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.61 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 74 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 230 aa  48.5  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 		 76 aa  48.9  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  31.17 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 333 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 333 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 176 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 81 aa  47.8  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  40.62 
 
 		 207 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 120 aa  47.8  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  42.11 
 
 		 72 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 179 aa  47.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  34.33 
 
 		 178 aa  47  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 198 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 196 aa  46.2  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  32.79 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 220 aa  46.6  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 178 aa  46.2  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 106 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 179 aa  45.4  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 216 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 199 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 90 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 64 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 183 aa  45.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 76 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 432 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 207 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 64 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 87 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 84 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 204 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 178 aa  45.1  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 215 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 78 aa  44.3  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3869  helix-turn-helix domain-containing protein  35.21 
 
 		 288 aa  44.3  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00219461  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 84 aa  44.7  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 184 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  32.79 
 
 		 69 aa  44.3  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 78 aa  44.3  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0190  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000995138  normal  0.937814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>