194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2282 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 89 aa  176  8e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  46.03 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2033  hypothetical protein  43.33 
 
 		 64 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 505 aa  52.4  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 192 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 192 aa  51.6  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  34.33 
 
 		 188 aa  51.2  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 176 aa  51.2  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  35 
 
 		 175 aa  51.6  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  39.06 
 
 		 196 aa  51.2  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  46.67 
 
 		 209 aa  50.8  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 195 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 201 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 488 aa  49.7  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 206 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 206 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 195 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 221 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 206 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 207 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 209 aa  48.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 179 aa  48.1  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 179 aa  48.1  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 224 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 219 aa  47.4  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 219 aa  47.8  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 67 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 179 aa  47  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 383 aa  47.4  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5575  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 63 aa  47  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 208 aa  46.6  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 179 aa  46.2  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  36.67 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  38.71 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 503 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 178 aa  45.4  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  44.44 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  41.79 
 
 		 488 aa  46.2  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 78 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 215 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 64 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5107  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 63 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4953  transcriptional regulator, DNA-binding protein  37.93 
 
 		 63 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282305  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 87 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5498  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 63 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 134 aa  44.3  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 75 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 178 aa  44.3  0.0006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 207 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 222 aa  43.9  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  43.86 
 
 		 60 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 72 aa  43.9  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 504 aa  42.7  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0162  hypothetical protein  38.33 
 
 		 64 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 71 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 63 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 170 aa  43.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0972  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 228 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.385835 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2151  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 64 aa  43.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.194811  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4938  transcriptional regulator, DNA-binding protein  37.5 
 
 		 63 aa  42.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 333 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  36.67 
 
 		 189 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 394 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 194 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 72 aa  42  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 72 aa  42  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 513 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>