More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3342 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 87 aa  175  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  57.33 
 
 		 76 aa  85.1  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  61.19 
 
 		 72 aa  81.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 76 aa  81.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  58.21 
 
 		 72 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 85 aa  76.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 78 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 78 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  55.22 
 
 		 79 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 75 aa  68.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 82 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 67 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 86 aa  61.2  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 230 aa  61.2  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 83 aa  60.5  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 75 aa  58.5  0.00000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 87 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 74 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 75 aa  57  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 81 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 76 aa  57  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  46.97 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  41.18 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  42.42 
 
 		 82 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 84 aa  52  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 74 aa  51.6  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 117 aa  51.2  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 187 aa  51.2  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.54 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 84 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 199 aa  50.8  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  41.54 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  42.19 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 179 aa  48.9  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 68 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 68 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 193 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 68 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.71 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 80 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  40 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  40 
 
 		 68 aa  47.4  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  41.94 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 195 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  39.06 
 
 		 120 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  37.88 
 
 		 183 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  34.21 
 
 		 84 aa  47  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 176 aa  47  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 333 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 333 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.47 
 
 		 188 aa  47  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  41.94 
 
 		 75 aa  47  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 79 aa  47  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 81 aa  46.2  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>