More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1097 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  100 
 
 
113 aa  229  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  79.65 
 
 
128 aa  185  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  78.76 
 
 
113 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  89.36 
 
 
109 aa  174  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  57.69 
 
 
107 aa  120  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
120 aa  72.8  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
81 aa  66.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 
90 aa  60.5  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 
86 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.27 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  43.55 
 
 
75 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 
77 aa  57.8  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
197 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 
72 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
71 aa  57.4  0.00000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
71 aa  57.4  0.00000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  43.94 
 
 
88 aa  57  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 
76 aa  57  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  45.9 
 
 
245 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 
76 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 
89 aa  55.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 
78 aa  55.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 
71 aa  54.7  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 
83 aa  54.3  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 
69 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
79 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  36.49 
 
 
80 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.18 
 
 
72 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  43.75 
 
 
72 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 
93 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.89 
 
 
236 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  40 
 
 
69 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
78 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
179 aa  52.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
72 aa  52  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 
86 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 
213 aa  51.6  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 
179 aa  52  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
333 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
72 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 
191 aa  51.2  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
333 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 
178 aa  51.2  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  40 
 
 
87 aa  50.8  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
76 aa  50.8  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
72 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 
192 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 
192 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 
192 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 
110 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 
143 aa  50.4  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  38.81 
 
 
81 aa  50.8  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1393  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 
90 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
179 aa  49.7  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  38.57 
 
 
84 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  34.43 
 
 
236 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
106 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  35.14 
 
 
200 aa  49.7  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 
179 aa  49.7  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  34.92 
 
 
181 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  36.21 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  34.72 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  38.46 
 
 
86 aa  48.9  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 
84 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  34.72 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 
181 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 
101 aa  48.9  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  36.21 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  26.76 
 
 
191 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
181 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 
189 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 
178 aa  49.7  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  36.21 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  34.72 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  36.21 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  34.72 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  36.21 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  34.72 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  36.21 
 
 
179 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
181 aa  48.9  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  34.72 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2496  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
69 aa  48.9  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000294217  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 
106 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 
91 aa  48.5  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0632  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
71 aa  48.9  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000285782  unclonable  0.0000000000746668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
84 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  31.46 
 
 
188 aa  48.5  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
390 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
112 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
88 aa  48.9  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.14 
 
 
328 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
187 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
203 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>