271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2294 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 80 aa  156  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 84 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 85 aa  63.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 88 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 72 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 72 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  41.27 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  48.39 
 
 		 75 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 76 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 78 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 81 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 77 aa  55.1  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.75 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 79 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 84 aa  53.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  50 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 93 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  43.28 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 57 aa  52.4  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 230 aa  52.8  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 333 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 333 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 199 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 82 aa  51.6  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 120 aa  51.6  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  40.32 
 
 		 88 aa  51.2  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  47.54 
 
 		 87 aa  51.2  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 68 aa  50.8  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 75 aa  50.8  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 86 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  36.99 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  40.91 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  45.16 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 74 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 120 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  49.12 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 207 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  43.24 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  43.24 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 76 aa  48.9  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 75 aa  48.1  0.00003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  37.5 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 179 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 187 aa  48.1  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 86 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 105 aa  47.4  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  47.8  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0189  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 65 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  47.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0195  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 		 65 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  31.75 
 
 		 324 aa  47  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 89 aa  47  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 81 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>