204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3201 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 78 aa  154  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  52.46 
 
 		 79 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 93 aa  57.8  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  43.28 
 
 		 87 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.79 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 82 aa  56.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  52 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 77 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 57 aa  53.9  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 215 aa  53.5  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40.3 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  58.97 
 
 		 77 aa  52  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  58.97 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 128 aa  51.6  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 76 aa  51.2  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 88 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  39.74 
 
 		 83 aa  51.2  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 78 aa  50.8  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 74 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 82 aa  50.8  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 78 aa  50.8  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 78 aa  50.8  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40.35 
 
 		 72 aa  50.1  0.000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 86 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40.35 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 179 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 131 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  48.15 
 
 		 75 aa  47.8  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 109 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 69 aa  47.4  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 104 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  42.11 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0415  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187389  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  43.1 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 106 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  41.07 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.86 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 67 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 390 aa  45.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 84 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0927  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 155 aa  44.7  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0199009  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 74 aa  45.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 195 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>