More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2256 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 104 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  98.08 
 
 		 104 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  95.19 
 
 		 104 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 179 aa  60.5  0.000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 300 aa  53.9  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 491 aa  53.1  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 432 aa  52.4  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 195 aa  51.6  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 198 aa  51.2  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.39 
 
 		 188 aa  51.2  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 176 aa  51.2  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 100 aa  50.4  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 78 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4072  helix-turn-helix domain protein  39.29 
 
 		 380 aa  50.4  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 200 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 205 aa  49.7  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 179 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.33 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 179 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  34.43 
 
 		 245 aa  48.9  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  42.62 
 
 		 488 aa  48.5  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 277 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  44.26 
 
 		 272 aa  48.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 256 aa  47.8  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  43.14 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1032  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0899  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0252882  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  34.72 
 
 		 182 aa  47.4  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 76 aa  47.4  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  32.58 
 
 		 188 aa  47.4  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  38.6 
 
 		 184 aa  47.4  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 219 aa  47  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 181 aa  47  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0162  hypothetical protein  36.21 
 
 		 64 aa  47  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  33.33 
 
 		 217 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  33.33 
 
 		 217 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  33.33 
 
 		 217 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 187 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 184 aa  46.6  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 69 aa  46.2  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1655  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 125 aa  46.2  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 388 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 134 aa  47  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 208 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 208 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0424  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 282 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 208 aa  47  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 187 aa  46.2  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 206 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  35 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2874  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 239 aa  46.2  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 194 aa  45.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  32.91 
 
 		 374 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 187 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  35 
 
 		 64 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 178 aa  45.4  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 189 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 175 aa  44.7  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 179 aa  45.1  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 201 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 113 aa  45.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 188 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.07 
 
 		 347 aa  45.1  0.0004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.94 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.94 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0740  transcriptional regulator  43.14 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.805789 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 213 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 		 255 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  32.73 
 
 		 352 aa  44.3  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 179 aa  44.3  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  32.31 
 
 		 383 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  26.42 
 
 		 179 aa  44.3  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 489 aa  44.3  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>