More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3344 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  246  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 244 aa  54.3  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 255 aa  52  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 256 aa  52.4  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  29.91 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1401  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 252 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  39.34 
 
 		 206 aa  48.9  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2246  XRE family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 117 aa  48.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  48.5  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  31.13 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 199 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 184 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 312 aa  48.1  0.00004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 201 aa  48.1  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  33.77 
 
 		 342 aa  47.8  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  35.92 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 113 aa  47.4  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 383 aa  47.8  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 74 aa  47.4  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 74 aa  47.4  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 432 aa  47.4  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  42.19 
 
 		 411 aa  47  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 219 aa  47.4  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 77 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  35.94 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 191 aa  45.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 179 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  38.16 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0079  DNA-binding protein  32.41 
 
 		 191 aa  45.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 255 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  36.67 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  42.62 
 
 		 175 aa  45.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 		 134 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  39.68 
 
 		 192 aa  45.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 201 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 183 aa  45.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  44.26 
 
 		 178 aa  45.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 505 aa  45.1  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 192 aa  44.7  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 73 aa  45.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 189 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 145 aa  45.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 196 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 175 aa  44.7  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 433 aa  44.3  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 73 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  39.74 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 222 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 73 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  37.88 
 
 		 209 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 218 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 188 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 204 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 187 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>