More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0903 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 255 aa  508  1e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  73.73 
 
 		 255 aa  385  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  67.86 
 
 		 256 aa  353  1e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  62.6 
 
 		 252 aa  316  3e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  34.81 
 
 		 190 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  53.23 
 
 		 196 aa  62  0.000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  32.82 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 69 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 69 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 69 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 505 aa  60.5  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  52.46 
 
 		 101 aa  60.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 105 aa  60.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  27.35 
 
 		 143 aa  60.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  32.06 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 77 aa  59.3  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  32.82 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 173 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 180 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 178 aa  58.5  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 145 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 173 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1781  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1606  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  46.55 
 
 		 68 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1730  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1567  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 403 aa  57  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1558  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 403 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 219 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  33.62 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  32.06 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  32.76 
 
 		 403 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 		 488 aa  55.5  0.0000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.1 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 179 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  25 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  49.02 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 181 aa  54.7  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  33.61 
 
 		 200 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 219 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  49.02 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 130 aa  54.7  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.79 
 
 		 185 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 101 aa  54.7  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 188 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 183 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 181 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 183 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 183 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 211 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 173 aa  53.9  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  32.98 
 
 		 179 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  22.64 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  50 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 83 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  41.67 
 
 		 189 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  47.37 
 
 		 189 aa  53.9  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 99 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 203 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 114 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 130 aa  54.3  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  47.37 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  47.37 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.79 
 
 		 185 aa  54.3  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>