235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3290 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 67 aa  136  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  53.73 
 
 		 68 aa  76.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40 
 
 		 508 aa  53.9  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  45.28 
 
 		 517 aa  53.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 513 aa  53.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2958  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.526804  normal  0.873082 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  39.62 
 
 		 516 aa  50.1  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 139 aa  50.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 205 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 230 aa  48.9  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 189 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  41.38 
 
 		 251 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 256 aa  47.8  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40.35 
 
 		 507 aa  47.4  0.00006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 169 aa  47.4  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  35 
 
 		 206 aa  47.4  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 503 aa  47  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  38.46 
 
 		 205 aa  47  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 127 aa  47  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.55 
 
 		 267 aa  47  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  35.94 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  42.59 
 
 		 223 aa  46.2  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  42.59 
 
 		 223 aa  46.2  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  32.31 
 
 		 82 aa  46.2  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5908  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 108 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.209414  hitchhiker  0.00928486 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 252 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  39.62 
 
 		 509 aa  45.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 175 aa  45.4  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1025  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00172819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1044  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0449357  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2248  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529166 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  38.33 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  37.7 
 
 		 233 aa  45.4  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 105 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 74 aa  45.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  36.67 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 125 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  36.21 
 
 		 507 aa  44.7  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  35 
 
 		 196 aa  44.3  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 		 75 aa  44.7  0.0005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  38.33 
 
 		 347 aa  44.7  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.3 
 
 		 305 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  30 
 
 		 180 aa  44.7  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 76 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 210 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 120 aa  44.7  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 72 aa  44.3  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 75 aa  43.9  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 77 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  35.59 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 176 aa  43.9  0.0008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 107 aa  43.5  0.0009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  35.71 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 78 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 90 aa  42.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 474 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 191 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 513 aa  43.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 71 aa  43.5  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  35.59 
 
 		 347 aa  43.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 79 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  36.54 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 209 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3947  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2321  putative phage repressor  29.03 
 
 		 243 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>