115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1916 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 104 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  77.88 
 
 		 104 aa  169  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  61.05 
 
 		 108 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  46.58 
 
 		 79 aa  80.5  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 101 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 168 aa  52.4  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 171 aa  50.8  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 513 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 64 aa  48.9  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  38.33 
 
 		 516 aa  47.4  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  37.5 
 
 		 508 aa  47  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 503 aa  46.2  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 513 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 81 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 169 aa  45.8  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 230 aa  45.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  34.38 
 
 		 517 aa  45.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  36.07 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 176 aa  44.3  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  36.84 
 
 		 188 aa  43.9  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 93 aa  43.5  0.0009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  35.09 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  31.75 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  30.3 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 220 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  34.48 
 
 		 180 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 188 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.71 
 
 		 509 aa  42.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  33.96 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  33.96 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  37.04 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  33.96 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 81 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 81 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  33.96 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 81 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  33.96 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1153  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1143 aa  42  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648529  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1374  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 71 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.111041  normal  0.717323 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  38.46 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  34.85 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  31.58 
 
 		 376 aa  41.6  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 175 aa  41.6  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 107 aa  41.2  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 187 aa  41.2  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 84 aa  41.2  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3680  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  28.95 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  33.78 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  31.08 
 
 		 175 aa  41.2  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  30.16 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  26.39 
 
 		 507 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 190 aa  40.8  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 81 aa  40.8  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  30.77 
 
 		 467 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 79 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 		 83 aa  40.8  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 187 aa  40.4  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0400  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 272 aa  40.8  0.007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124231  hitchhiker  0.000155221 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  37.74 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  34.48 
 
 		 251 aa  40.4  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 222 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 464 aa  40  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 196 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 90 aa  40.4  0.009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 85 aa  40.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>