105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2425 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  100 
 
 		 99 aa  197  5e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 100 aa  145  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 101 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  43.68 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 91 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 91 aa  64.3  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  46.58 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  38.54 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12438  transcriptional regulator, XRE family protein  29.89 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0697698  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  39.62 
 
 		 178 aa  47.8  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  37.68 
 
 		 517 aa  48.1  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 179 aa  47.4  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  42.86 
 
 		 516 aa  47.4  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1125  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  44 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 179 aa  46.2  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 513 aa  46.2  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  40.38 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  42.31 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 186 aa  45.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  40.38 
 
 		 179 aa  45.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  36.54 
 
 		 175 aa  45.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 103 aa  45.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40.74 
 
 		 509 aa  44.7  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 513 aa  44.3  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.22 
 
 		 188 aa  43.5  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 176 aa  43.9  0.0008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 474 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 503 aa  43.9  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.29 
 
 		 507 aa  42.7  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 206 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40.74 
 
 		 508 aa  42.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  41.89 
 
 		 89 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  37.36 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 180 aa  42.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 78 aa  41.6  0.003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  37.5 
 
 		 507 aa  42  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 83 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 108 aa  41.6  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 187 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 411 aa  42  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 94 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  44.9 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  44.9 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 		 465 aa  41.6  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  32.73 
 
 		 488 aa  41.6  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1274  transcriptional regulator, XRE family  34.04 
 
 		 212 aa  41.2  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.5 
 
 		 199 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 505 aa  41.2  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  50 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  48.57 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2282  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545722  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 208 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 208 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 208 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 489 aa  40.8  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  42.86 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  42.86 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  48 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  42.86 
 
 		 182 aa  40.4  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  48 
 
 		 107 aa  40  0.009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  48 
 
 		 107 aa  40  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  48 
 
 		 107 aa  40  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  48 
 
 		 107 aa  40  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 107 aa  40  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 182 aa  40  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  48 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  48 
 
 		 107 aa  40  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 215 aa  40  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  36.67 
 
 		 188 aa  40  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 182 aa  40  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  48 
 
 		 107 aa  40  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4562  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 98 aa  40  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00197637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>