76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1447 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 84 aa  164  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  54.43 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  54.43 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 168 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 171 aa  74.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 		 85 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 161 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 87 aa  57  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 85 aa  53.9  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.57 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  40.74 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  40.74 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  40.74 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  40.74 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  29.87 
 
 		 83 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003247  putative transcription regulator protein  28.92 
 
 		 88 aa  52.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  40.74 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  40.74 
 
 		 136 aa  52  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 825 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  41.1 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 82 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 101 aa  50.1  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  32.31 
 
 		 93 aa  50.4  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 101 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.17 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  40 
 
 		 155 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  38.24 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  36.23 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0367  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 93 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5916  XRE family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 87 aa  47.4  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4154  hypothetical protein  43.1 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  28.95 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 93 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 93 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 173 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  30.43 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 104 aa  46.2  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0065  hypothetical protein  28.21 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  26.74 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3687  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 79 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3298  DNA-binding protein  49.09 
 
 		 156 aa  43.9  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441123  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3754  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 78 aa  43.5  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  29.58 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  29.58 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.58 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.58 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  29.58 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  37.93 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 513 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  29.58 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1211  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 71 aa  41.6  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  34.85 
 
 		 74 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 123 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 108 aa  42  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 83 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3808  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 80 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0020912  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  38.24 
 
 		 194 aa  41.2  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  38.81 
 
 		 516 aa  40.8  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  41.67 
 
 		 508 aa  40.8  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 104 aa  40.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4345  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0197394  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20520  DNA binding protein, XRE family  35.21 
 
 		 76 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>