60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1719 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 104 aa  207  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  77.88 
 
 		 104 aa  169  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  61.05 
 
 		 108 aa  124  6e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  49.32 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 101 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 169 aa  50.8  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  37.66 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 513 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 64 aa  45.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0711  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 527 aa  44.7  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 171 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  33.93 
 
 		 508 aa  44.3  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1664  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 66 aa  43.9  0.0008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.609845  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  35.9 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 168 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0235  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0251  Cro/CI family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1826  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.76 
 
 		 94 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 109 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0490  Fis family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 176 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.100624 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.76 
 
 		 94 aa  41.6  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 100 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0813  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.284678  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  32.31 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  32.76 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.76 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  43.18 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  30.99 
 
 		 516 aa  41.2  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 92 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  32.69 
 
 		 467 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3360  DNA-binding protein  36.54 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.534769  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3368  DNA-binding protein  36.54 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00271776  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3344  DNA-binding protein  36.54 
 
 		 66 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1886  DNA-binding protein  36.54 
 
 		 67 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0924  hypothetical protein  63.33 
 
 		 31 aa  40.8  0.007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  0.00000000200379  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  36.54 
 
 		 376 aa  40.8  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 81 aa  40.8  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  28.36 
 
 		 517 aa  40.4  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3130  transcriptional regulator  36.54 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  28.81 
 
 		 503 aa  40.4  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 103 aa  40.4  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 		 85 aa  40.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 239 aa  40.4  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 513 aa  40  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>