More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5326 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 68 aa  135  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  53.73 
 
 		 67 aa  76.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 513 aa  66.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  50 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  60 
 
 		 517 aa  59.7  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  52.63 
 
 		 509 aa  60.1  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  56.25 
 
 		 516 aa  59.3  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  54.17 
 
 		 508 aa  57  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 83 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  52.08 
 
 		 503 aa  56.2  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  37.31 
 
 		 182 aa  53.9  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 188 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 187 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 177 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 210 aa  52.8  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 211 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  52.08 
 
 		 513 aa  52.8  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 177 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 201 aa  52  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 110 aa  51.6  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  37.88 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  51.92 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 215 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  54.35 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  47.92 
 
 		 507 aa  50.4  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 230 aa  50.8  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 187 aa  50.4  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  43.08 
 
 		 251 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 321 aa  50.4  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  37.88 
 
 		 184 aa  50.1  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 252 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  43.4 
 
 		 227 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 189 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 124 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 528 aa  49.7  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 187 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 176 aa  49.3  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 207 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  40.35 
 
 		 141 aa  48.1  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 151 aa  48.1  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 183 aa  48.5  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 148 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 205 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 169 aa  48.1  0.00004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 85 aa  47.8  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  38.81 
 
 		 182 aa  47.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0938  helix-turn-helix domain-containing protein  51.16 
 
 		 155 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  37.5 
 
 		 476 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 197 aa  47.8  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 91 aa  47.4  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  37.93 
 
 		 308 aa  47.4  0.00006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0020  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.555038 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0568  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 304 aa  47.4  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.415819  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1039  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 264 aa  47.4  0.00007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000101655  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  33.85 
 
 		 182 aa  47.4  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 199 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4943  transcriptional regulator, XRE family  47.73 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358741  normal  0.505342 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 112 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 477 aa  47  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  46.81 
 
 		 346 aa  47  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 89 aa  47  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 207 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  37.74 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 196 aa  47  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 182 aa  47  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  41.51 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 188 aa  46.2  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 222 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 95 aa  47  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 120 aa  46.2  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 175 aa  46.2  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>