196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3860 on replicon NC_010580
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 151 aa  306  4e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.44 
 
 		 305 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.34 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.71 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.51 
 
 		 316 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.51 
 
 		 309 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 513 aa  52.4  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.7 
 
 		 306 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.51 
 
 		 328 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  35 
 
 		 189 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 183 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 134 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 183 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 187 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 154 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.67 
 
 		 189 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 259 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  49.7  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  48.21 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 503 aa  49.3  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  49.12 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.91 
 
 		 342 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  27.27 
 
 		 315 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  31.15 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.89 
 
 		 294 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  27.27 
 
 		 317 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 72 aa  48.9  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  29.13 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  31.58 
 
 		 338 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  29.73 
 
 		 315 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 187 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 143 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 204 aa  47  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 86 aa  47  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  29.73 
 
 		 316 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  31.58 
 
 		 303 aa  46.2  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  35.38 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 177 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 248 aa  46.6  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 194 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 186 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 260 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 207 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 107 aa  46.2  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 224 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 195 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  35.82 
 
 		 196 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 528 aa  45.8  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  37.1 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 105 aa  46.2  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0885  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  25.76 
 
 		 374 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  29.63 
 
 		 324 aa  45.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>