More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3248 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 110 aa  223  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 90 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  47.14 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  47.14 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  47.14 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  47.14 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  47.14 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  47.14 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  44.29 
 
 		 72 aa  63.9  0.0000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  44.29 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 230 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 91 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  48.39 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 83 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 93 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 73 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 73 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  44.44 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  48.48 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 84 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 255 aa  53.9  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 90 aa  52.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 173 aa  52.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.64 
 
 		 316 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 199 aa  52.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 201 aa  53.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 201 aa  52.4  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  42.37 
 
 		 86 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  38.81 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 145 aa  51.6  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 198 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 252 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 178 aa  51.6  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 74 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 178 aa  50.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 197 aa  50.8  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 120 aa  50.8  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 255 aa  50.8  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 201 aa  50.8  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  43.33 
 
 		 75 aa  50.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 86 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  40 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 201 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 201 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  40 
 
 		 186 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.86 
 
 		 309 aa  50.4  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  50.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 84 aa  50.1  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  43.66 
 
 		 201 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 256 aa  50.1  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  41.94 
 
 		 370 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  40 
 
 		 368 aa  49.7  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>