More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1878 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 70 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 77 aa  79.7  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 72 aa  79.3  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 83 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 76 aa  71.2  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 76 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 71 aa  69.3  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 71 aa  69.3  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 76 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  47.76 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  48.48 
 
 		 72 aa  67  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 78 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 71 aa  63.5  0.0000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 72 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40.3 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 77 aa  61.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 195 aa  61.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 75 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  41.79 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 78 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 57 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 333 aa  57.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 333 aa  57.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.62 
 
 		 80 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  51.85 
 
 		 154 aa  57  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 79 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 105 aa  56.2  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  49.12 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 73 aa  55.5  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  38.24 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  48.33 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  41.79 
 
 		 67 aa  53.5  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 112 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 69 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 224 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  41.79 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  38.1 
 
 		 209 aa  52.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  40 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.28 
 
 		 70 aa  52.8  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 77 aa  52.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  40.68 
 
 		 180 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 79 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  41.79 
 
 		 81 aa  52  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  40 
 
 		 421 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  40 
 
 		 421 aa  52  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 233 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  48.15 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 110 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 69 aa  51.6  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 63 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 208 aa  51.2  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>