More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2665 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 233 aa  486  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  94.85 
 
 		 233 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.83 
 
 		 664 aa  124  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 		 663 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 1279 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 1047 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 1047 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 		 953 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 1322 aa  102  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0486  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 837 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000590544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 		 656 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4271  histidine kinase  36 
 
 		 525 aa  99  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 1260 aa  97.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 		 677 aa  97.4  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 		 645 aa  97.1  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  36.67 
 
 		 844 aa  96.7  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 1260 aa  96.7  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.66 
 
 		 916 aa  95.9  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 692 aa  94  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 673 aa  94  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  38.52 
 
 		 654 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.77 
 
 		 803 aa  92.8  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  38.98 
 
 		 654 aa  91.7  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 1113 aa  90.5  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2652  histidine kinase  36.59 
 
 		 718 aa  90.1  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.029799  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 		 766 aa  89.7  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 1108 aa  90.1  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 661 aa  89.4  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 		 925 aa  89  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 		 886 aa  87.8  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 		 692 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0788  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 		 634 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 		 890 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 983 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 639 aa  87.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  35.71 
 
 		 892 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 		 650 aa  87  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 853 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 		 853 aa  87  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.2 
 
 		 641 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2908  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 860 aa  87.4  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 903 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 994 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.88 
 
 		 847 aa  86.3  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 874 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 946 aa  85.9  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5149  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 869 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  36.89 
 
 		 903 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1075  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.37 
 
 		 829 aa  85.9  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.46099e-33 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 		 557 aa  85.5  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 880 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  36.3 
 
 		 585 aa  85.1  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 		 888 aa  85.1  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 		 869 aa  85.1  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  37.9 
 
 		 945 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 1023 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  37.9 
 
 		 945 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  35.61 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 		 803 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 		 906 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3527  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 		 839 aa  84  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.064663 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 1176 aa  84  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 758 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 1023 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 828 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 740 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 838 aa  82.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 		 822 aa  82.8  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.64 
 
 		 777 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 840 aa  82.4  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1486  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 		 886 aa  82  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 817 aa  82  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 845 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4753  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 630 aa  81.3  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2234  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 		 935 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 		 1193 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 925 aa  81.3  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 		 1040 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 		 1079 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4629  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 841 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 		 845 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  36.89 
 
 		 749 aa  80.9  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  34.65 
 
 		 531 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 		 741 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 857 aa  80.5  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5254  regulatory protein VanR  34.71 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3231  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 914 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 872 aa  79.7  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 		 1180 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 466 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3567  putative PAS/PAC sensor protein  33.88 
 
 		 738 aa  79.7  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.339814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  36 
 
 		 845 aa  79.7  0.00000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 454 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0716  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.61 
 
 		 890 aa  79.3  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  36.29 
 
 		 527 aa  79  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 869 aa  79  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 857 aa  79  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 811 aa  79  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  33.06 
 
 		 882 aa  79  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.2 
 
 		 796 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>