212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0433 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 215 aa  437  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  43.24 
 
 		 84 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 84 aa  58.2  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 72 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 70 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 79 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 170 aa  55.5  0.0000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 806 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 78 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 76 aa  53.1  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  52.8  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  38.03 
 
 		 123 aa  52  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  39.44 
 
 		 245 aa  51.6  0.000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 97 aa  51.6  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 85 aa  50.8  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 134 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 98 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 76 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 76 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  33.02 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 83 aa  50.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 118 aa  50.1  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 179 aa  50.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  43.08 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 75 aa  50.1  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 97 aa  49.7  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.06 
 
 		 72 aa  50.1  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 97 aa  49.7  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 97 aa  49.3  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 198 aa  48.9  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 72 aa  48.9  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  45 
 
 		 80 aa  48.9  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 82 aa  48.9  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 86 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 230 aa  48.5  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 131 aa  48.5  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 91 aa  48.5  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 213 aa  48.5  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 106 aa  48.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1991  Cro/CI family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  37.7 
 
 		 114 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 146 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 333 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  37.7 
 
 		 114 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 333 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 81 aa  47.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 77 aa  47.8  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 68 aa  47.8  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 143 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 93 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 115 aa  47  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 85 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 81 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 100 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4072  helix-turn-helix domain protein  35.94 
 
 		 380 aa  47  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 		 77 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  36.84 
 
 		 75 aa  46.6  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 97 aa  46.6  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  41.56 
 
 		 737 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  46.2  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  45.28 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 76 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 142 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 186 aa  46.2  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  36.99 
 
 		 101 aa  46.2  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 85 aa  46.2  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 75 aa  45.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  43.08 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 117 aa  45.8  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 67 aa  45.8  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 99 aa  45.8  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 193 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 81 aa  45.4  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 189 aa  45.4  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  41.94 
 
 		 459 aa  45.4  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 196 aa  45.4  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 125 aa  45.4  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 76 aa  45.1  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  45.4  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  37.31 
 
 		 209 aa  45.1  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  39.66 
 
 		 180 aa  45.1  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  37.31 
 
 		 107 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 90 aa  45.1  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  43.08 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 89 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 300 aa  44.3  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 179 aa  44.7  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>