273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1228 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  175  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  54.05 
 
 		 84 aa  78.2  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 83 aa  55.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 233 aa  54.7  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  40.91 
 
 		 81 aa  53.5  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 68 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 68 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 68 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 200 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.59 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 71 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 71 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4035  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.193941  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  44.44 
 
 		 217 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  44.44 
 
 		 217 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  44.44 
 
 		 217 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  52.83 
 
 		 806 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 217 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 78 aa  48.9  0.00003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 189 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 60 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  40.28 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1868  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 63 aa  47.8  0.00005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  44.83 
 
 		 258 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 76 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 91 aa  47  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 75 aa  47  0.00009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5865  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 64 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 272 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  43.4 
 
 		 223 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 171 aa  46.2  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 371 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 272 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  41.67 
 
 		 73 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 302 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0195  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  41.79 
 
 		 184 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0189  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 287 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  36.07 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  42.65 
 
 		 204 aa  45.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 203 aa  46.2  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 188 aa  45.4  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0127  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.797375  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 176 aa  45.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 187 aa  45.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 205 aa  45.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 201 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 285 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 75 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1826  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 88 aa  45.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  48.28 
 
 		 145 aa  45.1  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4953  transcriptional regulator, DNA-binding protein  38.33 
 
 		 63 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282305  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 281 aa  44.7  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 201 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 183 aa  44.3  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 183 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 284 aa  44.7  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  42.62 
 
 		 179 aa  44.3  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  42.62 
 
 		 179 aa  44.3  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 183 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 81 aa  44.3  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5107  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 63 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5498  DNA-binding protein  39.66 
 
 		 63 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 194 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 76 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0989  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.214292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.18 
 
 		 305 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 212 aa  43.9  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>