137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2190 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
222 aa  441  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0934  type IV pilus assembly PilZ  35.71 
 
 
196 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.375639  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
235 aa  54.3  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
110 aa  52.4  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  39.74 
 
 
130 aa  51.2  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  35.45 
 
 
224 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  39.34 
 
 
362 aa  50.8  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  42.86 
 
 
200 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 
338 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  40.51 
 
 
227 aa  50.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
133 aa  50.1  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
115 aa  50.4  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
115 aa  50.4  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 
130 aa  49.7  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  31.33 
 
 
114 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  31.33 
 
 
114 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0095  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 
107 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
261 aa  49.3  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  38.95 
 
 
183 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 
205 aa  49.3  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 
146 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
204 aa  48.5  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
273 aa  48.5  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3236  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 
113 aa  48.5  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  39.06 
 
 
143 aa  48.1  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 
195 aa  48.5  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 
134 aa  47.8  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  31.43 
 
 
235 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 
300 aa  47.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0725  type IV pilus assembly PilZ  36.49 
 
 
129 aa  47  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  31.67 
 
 
255 aa  47  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
320 aa  47  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  36.51 
 
 
301 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  33.98 
 
 
133 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
145 aa  46.2  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2101  hypothetical protein  31.08 
 
 
112 aa  46.6  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00724598  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  36.07 
 
 
114 aa  46.6  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
170 aa  46.6  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
215 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  38.33 
 
 
209 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 
133 aa  46.2  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
185 aa  46.2  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
312 aa  46.2  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  40.91 
 
 
106 aa  45.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0633  hypothetical protein  30.12 
 
 
129 aa  45.8  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
163 aa  45.8  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
114 aa  45.4  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  38.67 
 
 
132 aa  45.4  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.25 
 
 
149 aa  45.4  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 
208 aa  45.4  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  35 
 
 
149 aa  45.1  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 
193 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 
276 aa  45.1  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 
268 aa  45.4  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
70 aa  45.1  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  35.38 
 
 
145 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.32 
 
 
481 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
132 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0422  transcriptional regulator  32.26 
 
 
146 aa  44.7  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
203 aa  45.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
132 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  34.21 
 
 
293 aa  44.7  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
149 aa  44.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  29.67 
 
 
205 aa  44.7  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
490 aa  44.3  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  31.4 
 
 
197 aa  43.5  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  35 
 
 
92 aa  44.3  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  31.15 
 
 
146 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  35 
 
 
149 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 
106 aa  43.9  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
197 aa  43.9  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 
296 aa  44.3  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 
183 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  33.33 
 
 
240 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  36.67 
 
 
436 aa  43.9  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  33.33 
 
 
240 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 
256 aa  44.3  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 
209 aa  43.9  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 
123 aa  43.9  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 
214 aa  43.5  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 
209 aa  43.9  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 
89 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  40.32 
 
 
219 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 
209 aa  43.9  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  35 
 
 
149 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1991  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 
204 aa  43.1  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 
505 aa  43.1  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  35 
 
 
180 aa  43.5  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  34.43 
 
 
252 aa  43.1  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  34.09 
 
 
240 aa  43.5  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 
106 aa  43.1  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  34.15 
 
 
197 aa  43.5  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 
76 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
135 aa  43.1  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  33.7 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  33.7 
 
 
202 aa  43.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  33.7 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  33.7 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  33.7 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  33.7 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>