More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1021 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  100 
 
 		 180 aa  353  6.999999999999999e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  33.9 
 
 		 139 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  31.98 
 
 		 144 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 106 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 71 aa  62.8  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0555  immunity repressor protein  30.77 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000943913 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  47.62 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  45.83 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  45.9 
 
 		 421 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  40.85 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  45.9 
 
 		 421 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 464 aa  56.6  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 69 aa  54.3  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 474 aa  54.7  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  40.62 
 
 		 175 aa  54.3  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 72 aa  53.9  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 101 aa  53.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 218 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 77 aa  53.9  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 179 aa  52.8  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 482 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 71 aa  52.4  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 471 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 71 aa  52.4  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 76 aa  52.8  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  38.71 
 
 		 196 aa  52.4  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1128  Cro/CI family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 65 aa  52  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000913081  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 198 aa  52  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 107 aa  52.4  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  49.15 
 
 		 476 aa  52  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 178 aa  52  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 198 aa  52  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  37.21 
 
 		 472 aa  52  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 115 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 215 aa  52  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 77 aa  52  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  36.89 
 
 		 483 aa  52  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 470 aa  51.6  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 233 aa  51.6  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 70 aa  51.6  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 470 aa  51.6  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  33.72 
 
 		 470 aa  51.6  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 228 aa  51.2  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.2  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.2  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 219 aa  51.6  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 227 aa  51.2  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.2  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 228 aa  51.2  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 227 aa  51.6  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 227 aa  51.2  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 228 aa  51.2  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 222 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  35.48 
 
 		 182 aa  51.2  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  42.59 
 
 		 196 aa  51.2  0.000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 76 aa  51.2  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 219 aa  50.8  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  45.1 
 
 		 68 aa  50.8  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 206 aa  51.2  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 432 aa  50.8  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 183 aa  50.8  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 72 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 181 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 477 aa  50.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 181 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 470 aa  50.4  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 181 aa  50.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 197 aa  50.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  32.56 
 
 		 472 aa  50.4  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 481 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 130 aa  50.4  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 76 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 483 aa  50.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>