More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3914 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 84 aa  171  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 72 aa  108  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  69.57 
 
 		 72 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  71.01 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 72 aa  81.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6741  putative transcriptional regulator  56.6 
 
 		 58 aa  77.8  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0202746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 87 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 75 aa  65.5  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 71 aa  60.1  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 83 aa  58.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 100 aa  58.2  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  49.06 
 
 		 70 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.71 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 74 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 91 aa  56.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  36.92 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 79 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 57 aa  53.9  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 77 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.68 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 207 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 78 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  34.15 
 
 		 383 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  39.06 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 85 aa  51.6  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 230 aa  51.6  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 201 aa  51.2  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  41.79 
 
 		 652 aa  51.2  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 86 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  50.8  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 192 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 70 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  32.93 
 
 		 87 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 72 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 91 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 183 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 79 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 224 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  32.47 
 
 		 175 aa  48.9  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 642 aa  48.5  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 192 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 260 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 91 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  37.7 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 210 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 143 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  32.79 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 192 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 188 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 233 aa  47.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 195 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 182 aa  47.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 233 aa  47.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 205 aa  47.8  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 78 aa  47.8  0.00006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  28.17 
 
 		 185 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 198 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 198 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 90 aa  47.4  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>