83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1858 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
100 aa  196  9e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  71.43 
 
 
99 aa  145  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  54.17 
 
 
101 aa  115  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 
91 aa  68.6  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  49.3 
 
 
91 aa  68.2  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 
97 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  49.3 
 
 
91 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  38.38 
 
 
107 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 
91 aa  67.4  0.00000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  41.11 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  48.57 
 
 
91 aa  65.5  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12438  transcriptional regulator, XRE family protein  34.48 
 
 
99 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0697698  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 
104 aa  56.2  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 
109 aa  48.9  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 
179 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  43.4 
 
 
179 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  43.4 
 
 
179 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  38.98 
 
 
178 aa  47.4  0.00006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
179 aa  47.4  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 
108 aa  46.6  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  34.04 
 
 
100 aa  46.2  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
76 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
176 aa  45.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
181 aa  45.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 
122 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 
186 aa  45.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.66 
 
 
188 aa  45.4  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 
180 aa  45.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 
104 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  37.29 
 
 
175 aa  44.7  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 
123 aa  44.7  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
108 aa  44.3  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
93 aa  44.7  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
513 aa  44.3  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 
179 aa  44.3  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2395  putative transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 
110 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 
488 aa  43.5  0.0008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
503 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  41.18 
 
 
179 aa  43.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  36.11 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
103 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1462  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 
114 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  43.48 
 
 
75 aa  43.5  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  36.11 
 
 
94 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  36.11 
 
 
94 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  36.11 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  36.11 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 
100 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  36.73 
 
 
516 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
112 aa  42.4  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
206 aa  42.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.78 
 
 
517 aa  42  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  31.75 
 
 
489 aa  41.6  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 
79 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  33.33 
 
 
94 aa  41.2  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  33.82 
 
 
94 aa  41.6  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 
255 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
513 aa  41.6  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 
83 aa  41.2  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  37.93 
 
 
465 aa  41.2  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 
170 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 
170 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 
187 aa  40.8  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 
108 aa  40.8  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  46 
 
 
107 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  46 
 
 
107 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 
107 aa  40.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 
82 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
194 aa  40.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  34 
 
 
178 aa  40.4  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0512  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 
185 aa  40.4  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  46 
 
 
107 aa  40.4  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  46 
 
 
107 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  46 
 
 
107 aa  40  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1565  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
179 aa  40.4  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  46 
 
 
107 aa  40.4  0.009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  46 
 
 
107 aa  40.4  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  46 
 
 
107 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.19 
 
 
509 aa  40  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>