95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2889 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  100 
 
 		 223 aa  449  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  98.21 
 
 		 223 aa  444  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1150  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.74 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000248041  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0049  XRE family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 220 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 212 aa  52.8  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.98 
 
 		 517 aa  52.8  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 124 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  23.15 
 
 		 196 aa  48.9  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  28.04 
 
 		 476 aa  48.5  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1209  XRE family transcriptional regulator  21.36 
 
 		 205 aa  48.5  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 124 aa  48.5  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  28.85 
 
 		 312 aa  48.1  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  22.58 
 
 		 306 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  24.41 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0557  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 89 aa  47  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.863729 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 128 aa  46.6  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  38.18 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 67 aa  46.2  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.9 
 
 		 317 aa  46.2  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  26.97 
 
 		 305 aa  45.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 497 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 482 aa  45.4  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  24.29 
 
 		 484 aa  45.4  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0075  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 73 aa  45.8  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 196 aa  45.4  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 463 aa  45.4  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 474 aa  45.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0072  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 73 aa  45.1  0.0009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 513 aa  44.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 366 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  41.38 
 
 		 218 aa  44.3  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 128 aa  45.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  25.84 
 
 		 483 aa  44.3  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 470 aa  44.3  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 513 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 483 aa  44.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 183 aa  44.7  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 107 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 470 aa  44.3  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 120 aa  43.9  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 480 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 483 aa  43.9  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  29.03 
 
 		 342 aa  43.5  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  26.87 
 
 		 480 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  27.42 
 
 		 328 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  26.87 
 
 		 464 aa  43.5  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  42.22 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 503 aa  43.9  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_69049  predicted protein  38.1 
 
 		 150 aa  43.5  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  30.16 
 
 		 516 aa  43.9  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 474 aa  43.5  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 127 aa  43.5  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  28.33 
 
 		 469 aa  43.5  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 97 aa  43.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 464 aa  43.1  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  25.37 
 
 		 480 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 481 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  34.48 
 
 		 67 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 433 aa  43.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 67 aa  43.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 490 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 110 aa  43.5  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 183 aa  43.5  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  28.07 
 
 		 508 aa  42.7  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 348 aa  42.7  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  24.24 
 
 		 279 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 73 aa  43.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 477 aa  42.7  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 475 aa  42.7  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  32.76 
 
 		 509 aa  42.7  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 123 aa  42.7  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0958  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 80 aa  42.7  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  20.38 
 
 		 223 aa  42.4  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  24.64 
 
 		 474 aa  42.7  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 68 aa  42.4  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  34.48 
 
 		 67 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 469 aa  42.4  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 131 aa  42  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 144 aa  42  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.87 
 
 		 323 aa  42  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 130 aa  42  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0020  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 70 aa  42.4  0.007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.555038 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0013  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 135 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 244 aa  42  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 169 aa  42  0.008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0952  XRE family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 185 aa  42  0.008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0264927 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 113 aa  42  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  29.55 
 
 		 200 aa  41.6  0.009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 72 aa  42  0.009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 106 aa  41.6  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2303  transcriptional regulator, XRE family  45.24 
 
 		 534 aa  41.6  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.832541 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2248  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 116 aa  41.6  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529166 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>