207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2141 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 82 aa  168  3e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2142  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 182 aa  54.3  0.0000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 182 aa  54.3  0.0000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 117 aa  53.5  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  40.58 
 
 		 82 aa  53.5  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 185 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 185 aa  52.4  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 185 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 185 aa  51.6  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 185 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 185 aa  51.6  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 185 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 84 aa  50.4  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 210 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  36.07 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  34.92 
 
 		 149 aa  48.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 92 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 149 aa  47.4  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  34.72 
 
 		 212 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 68 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  36.07 
 
 		 149 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  32.43 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.07 
 
 		 149 aa  47  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0162  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 77 aa  47  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 67 aa  46.2  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0134  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 211 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 183 aa  46.6  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  45.24 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 259 aa  45.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  35.82 
 
 		 347 aa  46.2  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  35.29 
 
 		 227 aa  46.2  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 117 aa  45.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 370 aa  45.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 143 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 184 aa  45.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 87 aa  45.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 201 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 207 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 210 aa  44.7  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  46 
 
 		 284 aa  45.1  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3770  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 81 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 75 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 84 aa  45.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 114 aa  44.7  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  35.71 
 
 		 117 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 192 aa  44.7  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2219  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 146 aa  44.7  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  44.7  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  36.99 
 
 		 175 aa  44.7  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 327 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 91 aa  44.7  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 227 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 200 aa  44.3  0.0006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  42.11 
 
 		 196 aa  43.9  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 199 aa  44.3  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 213 aa  43.9  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 123 aa  43.9  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 227 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 111 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 133 aa  43.9  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  35.59 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 189 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0952  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0264927 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 81 aa  42.7  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 193 aa  42.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 185 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5468  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.624713 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 368 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  43.1  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  42.37 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  47.27 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2176  helix-turn-helix domain-containing protein  38.98 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 374 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>