88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_2248 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_2248  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
116 aa  236  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00529166 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 
122 aa  76.3  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  33.65 
 
 
118 aa  70.5  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  28.72 
 
 
301 aa  48.1  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
107 aa  47  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
106 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0513  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.041665  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  37.29 
 
 
112 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
76 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 
67 aa  45.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0798  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 
73 aa  44.3  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0286273  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  29.23 
 
 
91 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 
69 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  44.64 
 
 
366 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
78 aa  44.7  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.88 
 
 
267 aa  44.3  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  42.59 
 
 
145 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 
142 aa  43.9  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 
123 aa  43.9  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
231 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 
77 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1150  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.39 
 
 
230 aa  43.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000248041  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3445  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 
335 aa  42.7  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  29.58 
 
 
476 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 
127 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
77 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  27.66 
 
 
139 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  28.75 
 
 
516 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
110 aa  42.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  31.37 
 
 
146 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  30.93 
 
 
205 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  30.91 
 
 
223 aa  42.4  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4478  helix-turn-helix domain protein  36.76 
 
 
140 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  34.69 
 
 
289 aa  42.4  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 
139 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 
256 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  33.33 
 
 
489 aa  42.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
68 aa  42  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3527  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 
178 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00697962  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
490 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  41.07 
 
 
84 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 
88 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 
184 aa  41.6  0.003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 
152 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
125 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2038  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 
248 aa  41.2  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
134 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  30.91 
 
 
223 aa  41.6  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 
230 aa  41.2  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  41.51 
 
 
292 aa  41.2  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 
175 aa  41.2  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  37.88 
 
 
347 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  29.59 
 
 
410 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  32.08 
 
 
206 aa  40.8  0.006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  32.81 
 
 
200 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  37.1 
 
 
183 aa  40.8  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  41.51 
 
 
369 aa  40.4  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.26 
 
 
119 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.81 
 
 
508 aa  40.8  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
94 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 
137 aa  40.4  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 
374 aa  40.4  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
321 aa  40.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  33.01 
 
 
125 aa  40.4  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
491 aa  40.4  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  34.33 
 
 
177 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  47.5 
 
 
497 aa  40.4  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 
124 aa  40.4  0.009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 
513 aa  40.4  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 
91 aa  40.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
276 aa  40.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
115 aa  40.4  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 
105 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
115 aa  40.4  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0049  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
220 aa  40  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  26 
 
 
355 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 
187 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1652  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 
76 aa  40  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000422118  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3389  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
83 aa  40  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14531  normal  0.0634839 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>