101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3893 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3893  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 107 aa  224  4e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4176  transcriptional regulator, XRE family  59.78 
 
 		 104 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  55.32 
 
 		 103 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 103 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28130  hypothetical protein  50.54 
 
 		 114 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00390916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2452  hypothetical protein  50.54 
 
 		 126 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0103897  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  51.02 
 
 		 109 aa  100  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 109 aa  98.2  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2553  DNA-binding transcriptional regulator  56.41 
 
 		 87 aa  98.2  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4267  XRE family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 108 aa  93.2  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043882  hitchhiker  0.0000172239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1541  XRE family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 103 aa  87.8  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000893114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4123  transcriptional regulator, XRE family  47.19 
 
 		 111 aa  84.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000445956  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0430  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 119 aa  83.6  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00281269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3724  DNA binding protein  48.68 
 
 		 118 aa  79.3  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4406  transcriptional regulator, XRE family  44.94 
 
 		 108 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6926  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5932  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 95 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3225  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 93 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 84 aa  75.5  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4121  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 105 aa  72  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00277725  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 111 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1497  transcriptional regulator, XRE family  41.77 
 
 		 85 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6784  XRE family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 112 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0145  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3224  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 		 88 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3154  XRE family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 102 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000123737  hitchhiker  0.00000000000122255 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3494  I C protein  41.25 
 
 		 103 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6488  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 107 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 86 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 92 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1513  transcriptional regulator, XRE family  39.24 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1691  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1692  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1512  putative transcriptional regulator  39.06 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 256 aa  53.5  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 137 aa  51.2  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 255 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  39.39 
 
 		 347 aa  47.8  0.00005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 77 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 252 aa  47.4  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 117 aa  47.4  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 122 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  42.19 
 
 		 359 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 321 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  34.72 
 
 		 210 aa  45.8  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 114 aa  45.1  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.85 
 
 		 181 aa  44.3  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.85 
 
 		 181 aa  44.3  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  34.85 
 
 		 206 aa  43.9  0.0008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  34.38 
 
 		 215 aa  43.9  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 		 255 aa  43.5  0.0009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  37.31 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  33.68 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000010572  hitchhiker  0.0000267972 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 244 aa  42.4  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  29.25 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  29.79 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  32.94 
 
 		 327 aa  42.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3686  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  35.29 
 
 		 227 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  35.29 
 
 		 234 aa  41.6  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  33.33 
 
 		 395 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  34.85 
 
 		 363 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 		 399 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2176  helix-turn-helix domain-containing protein  30.48 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 106 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 174 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 184 aa  40.8  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  26.03 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  32.86 
 
 		 355 aa  40.8  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 136 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2593  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 116 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 213 aa  40.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  24.76 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04285  DNA-binding protein, putative  36.67 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  36.49 
 
 		 342 aa  40  0.01  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>