192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2140 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 196 aa  396  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1682  hypothetical protein  33.98 
 
 		 216 aa  90.9  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.704412 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0633  putative phage repressor  32.46 
 
 		 208 aa  87  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2767  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 191 aa  85.1  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449459  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3423  bacteriophage repressor protein C1  30.1 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  30.61 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  32.99 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3040  putative phage repressor  36.42 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3689  putative phage repressor  33.33 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1320  putative phage repressor  31.94 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.260786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5832  putative LexA repressor  28.73 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280806  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  25.67 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3576  putative phage repressor  30.53 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  30.81 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0975  putative phage repressor  32 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  32.08 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 152 aa  57.4  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  27.27 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3771  hypothetical protein  26.6 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00553351  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  31.94 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  30.97 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  30.77 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  27.57 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3844  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.77 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  31.03 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 163 aa  54.3  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  34.23 
 
 		 347 aa  53.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  29.23 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  40 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  35.29 
 
 		 229 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  35.29 
 
 		 229 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 128 aa  52.4  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  31.58 
 
 		 229 aa  52  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 118 aa  51.6  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  30.93 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  29.82 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 105 aa  50.8  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 128 aa  50.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 115 aa  50.1  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 115 aa  50.1  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  28.72 
 
 		 210 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 244 aa  49.7  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0775  hypothetical protein  24.07 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  25.12 
 
 		 205 aa  48.9  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  37.5 
 
 		 144 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  48.9  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 133 aa  48.9  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 149 aa  48.5  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 128 aa  48.5  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 346 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6554  putative phage repressor  30.81 
 
 		 245 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024132  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 151 aa  48.5  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 122 aa  48.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 67 aa  48.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1189  hypothetical protein  24.65 
 
 		 228 aa  48.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 137 aa  48.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 135 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  32.1 
 
 		 135 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 474 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 152 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  29.9 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 142 aa  47.4  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  41.79 
 
 		 145 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 380 aa  46.6  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 144 aa  47  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 131 aa  47  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  25 
 
 		 235 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 139 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  46.2  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  46.2  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  40.85 
 
 		 227 aa  46.2  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  36.36 
 
 		 101 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0557  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 89 aa  46.2  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.863729 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 135 aa  46.2  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 130 aa  45.8  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  40 
 
 		 394 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 181 aa  46.6  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3360  putative phage repressor  26.55 
 
 		 214 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5950  putative phage repressor  29.8 
 
 		 227 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  27.56 
 
 		 209 aa  45.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  29.73 
 
 		 114 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 223 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 113 aa  45.4  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  29.87 
 
 		 198 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  29.8 
 
 		 214 aa  45.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  34.72 
 
 		 131 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  39.29 
 
 		 223 aa  45.1  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2132  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 533 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.572926 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>