37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0975 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0975  putative phage repressor  100 
 
 		 203 aa  409  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3771  hypothetical protein  51.2 
 
 		 234 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00553351  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1320  putative phage repressor  38.8 
 
 		 211 aa  95.9  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.260786 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  35.36 
 
 		 238 aa  92  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1682  hypothetical protein  40.15 
 
 		 216 aa  89  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.704412 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2767  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 191 aa  72  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449459  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3423  bacteriophage repressor protein C1  30.69 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3360  putative phage repressor  30.96 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0633  putative phage repressor  35.57 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3040  putative phage repressor  33.77 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3689  putative phage repressor  38.1 
 
 		 227 aa  64.7  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5832  putative LexA repressor  30.39 
 
 		 206 aa  62  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280806  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6554  putative phage repressor  32.94 
 
 		 245 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024132  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  32.48 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3576  putative phage repressor  28.9 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5950  putative phage repressor  35.77 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  31.82 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4082  putative phage repressor  30 
 
 		 227 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  31.46 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  28.57 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4879  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 97 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  33.64 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 209 aa  45.8  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  26.19 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  28.1 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  31.52 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 212 aa  43.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  37.97 
 
 		 217 aa  43.1  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  30.34 
 
 		 210 aa  43.1  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  34.48 
 
 		 118 aa  42.7  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  32.58 
 
 		 240 aa  42.7  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0534  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 86 aa  42.4  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000443779  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  25.26 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  25.86 
 
 		 216 aa  42.4  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  25.56 
 
 		 205 aa  41.6  0.007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1203  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 69 aa  41.6  0.007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.48575 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>