111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1733 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  262  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  54.92 
 
 		 130 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 133 aa  120  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  47.66 
 
 		 132 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  48.76 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2831  helix-turn-helix domain-containing protein  47.9 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182633  normal  0.128352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  40.91 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  35.06 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  36.92 
 
 		 235 aa  52.8  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  35.06 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 139 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 222 aa  50.1  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 128 aa  50.1  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  34.29 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1947  transcriptional regulator protein  38.2 
 
 		 210 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 196 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  36.92 
 
 		 263 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  32.81 
 
 		 410 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  33.82 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  33.82 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  47.8  0.00005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  32.39 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  36.67 
 
 		 436 aa  47.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  42.62 
 
 		 227 aa  47.4  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  39.06 
 
 		 213 aa  47  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0337  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 135 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 163 aa  47  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.31 
 
 		 260 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  28.87 
 
 		 233 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 132 aa  46.2  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 152 aa  45.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 273 aa  45.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 110 aa  45.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 125 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  28.87 
 
 		 233 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  35 
 
 		 114 aa  44.7  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  28.87 
 
 		 233 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  34.38 
 
 		 240 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  34.38 
 
 		 240 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 321 aa  44.3  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 115 aa  44.3  0.0006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 115 aa  44.3  0.0006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 170 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4243  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 229 aa  43.9  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 		 488 aa  43.5  0.0008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  38.1 
 
 		 219 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  31.11 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  41.54 
 
 		 230 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  32.11 
 
 		 388 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0400  putative HTH-type transcriptional regulator  24.77 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.06586  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  27.94 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  28.21 
 
 		 243 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 118 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  34.43 
 
 		 301 aa  43.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  29.07 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  31.88 
 
 		 216 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 252 aa  42.4  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  30.99 
 
 		 342 aa  42.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  34.29 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  37.29 
 
 		 256 aa  42.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 210 aa  42.7  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 123 aa  41.6  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2265  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 145 aa  41.6  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000780415  unclonable  0.00000217866 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0853  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 110 aa  42  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 111 aa  42  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0869  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 		 110 aa  42  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08220  DNA-binding protein RDGA  36.51 
 
 		 196 aa  41.6  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  42.19 
 
 		 489 aa  42  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  25 
 
 		 114 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 192 aa  41.2  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 138 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  34.85 
 
 		 239 aa  41.2  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 191 aa  41.6  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  32.43 
 
 		 122 aa  40.8  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  32.43 
 
 		 122 aa  40.8  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  33.96 
 
 		 265 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  29.41 
 
 		 293 aa  41.2  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1032  helix-turn-helix domain-containing protein  34.09 
 
 		 162 aa  41.2  0.005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 276 aa  41.2  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7229  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 470 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  31.67 
 
 		 229 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  29.51 
 
 		 214 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 145 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>