87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1025 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 130 aa  259  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 133 aa  79  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  56.92 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1947  transcriptional regulator protein  40.16 
 
 		 210 aa  72  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  56.92 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  51.39 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  36.54 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  36.54 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 300 aa  54.7  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  36.76 
 
 		 109 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 222 aa  49.7  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  31.88 
 
 		 235 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1163  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  36.14 
 
 		 233 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  36.14 
 
 		 233 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  39.06 
 
 		 214 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  36.14 
 
 		 233 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  32.65 
 
 		 240 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  31.63 
 
 		 240 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 135 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  34.92 
 
 		 135 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0407  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 108 aa  47  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 197 aa  47  0.00009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 110 aa  47  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  38.46 
 
 		 219 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2831  helix-turn-helix domain-containing protein  38.36 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182633  normal  0.128352 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  38.2 
 
 		 151 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  41.51 
 
 		 227 aa  45.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 212 aa  44.7  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 296 aa  44.3  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  33.64 
 
 		 355 aa  44.7  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1922  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0282739 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 252 aa  44.3  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  34.83 
 
 		 213 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 196 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  32.89 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  38.71 
 
 		 82 aa  43.5  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 256 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  38.33 
 
 		 394 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1263  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197496  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  43.75 
 
 		 264 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  32.31 
 
 		 263 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  43.75 
 
 		 264 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  30.12 
 
 		 131 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  37.14 
 
 		 235 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  34.43 
 
 		 347 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 163 aa  41.6  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  34.38 
 
 		 342 aa  41.6  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 262 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 142 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  36.99 
 
 		 259 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 358 aa  41.6  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 		 262 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  33.85 
 
 		 216 aa  41.6  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 176 aa  41.2  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 		 262 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 322 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2441  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0775  hypothetical protein  37.04 
 
 		 228 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  31.17 
 
 		 229 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  31.17 
 
 		 229 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 262 aa  40.8  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1189  hypothetical protein  35.8 
 
 		 228 aa  40.8  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  28.36 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 229 aa  40.8  0.006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  31.71 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 128 aa  40.8  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 255 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  33.87 
 
 		 196 aa  40.4  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 209 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  30.56 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  28.38 
 
 		 209 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 189 aa  40.4  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  33.33 
 
 		 293 aa  40.4  0.009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 189 aa  40.4  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 115 aa  40.4  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 115 aa  40.4  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0955  XRE family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 232 aa  40  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  35.48 
 
 		 216 aa  40  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  35.48 
 
 		 216 aa  40  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>