133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0134 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 152 aa  309  7.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  95.39 
 
 		 152 aa  295  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  30.28 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  30.28 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  32.14 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 359 aa  57.8  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  28.87 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  28.87 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  39.71 
 
 		 235 aa  57  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 209 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  40.3 
 
 		 216 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  40.3 
 
 		 216 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  40.3 
 
 		 233 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  40.3 
 
 		 233 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  40.3 
 
 		 233 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  40.62 
 
 		 216 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  38.89 
 
 		 240 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  39.68 
 
 		 229 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  39.68 
 
 		 229 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0978  XRE family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0860  XRE family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  38.16 
 
 		 229 aa  49.3  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 229 aa  48.9  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  38.89 
 
 		 240 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  41.27 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1431  hypothetical protein  26.98 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000064754  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 169 aa  47.4  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 95 aa  47.4  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  37.7 
 
 		 141 aa  47  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 237 aa  47  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 237 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 255 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 219 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02998  transcriptional regulator PbsX family  32.2 
 
 		 125 aa  47  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 300 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4185  hypothetical protein  28.89 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.373535  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  34.33 
 
 		 227 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  36.36 
 
 		 219 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  35.94 
 
 		 263 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  35.48 
 
 		 234 aa  44.7  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 127 aa  44.3  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 		 459 aa  44.3  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.13 
 
 		 149 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4531  helix-turn-helix domain-containing protein  40.3 
 
 		 174 aa  43.9  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16560  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  29.47 
 
 		 505 aa  43.9  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0044181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  36.07 
 
 		 399 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  32.53 
 
 		 220 aa  43.9  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  37.31 
 
 		 213 aa  43.9  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 225 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  35.94 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  31.08 
 
 		 403 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  31.51 
 
 		 403 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  34.72 
 
 		 243 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 204 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  27.84 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.94 
 
 		 256 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1606  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 404 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0568777  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2675  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 422 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0980951  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0746  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 64 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.376996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 242 aa  43.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  28.36 
 
 		 142 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1781  DNA-binding protein  31.08 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  33.33 
 
 		 436 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1606  DNA-binding protein  31.08 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1567  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1558  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2500  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 69 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000069797  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1730  DNA-binding protein  31.08 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 130 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 108 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  32.84 
 
 		 214 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 170 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4546  transcriptional regulator, XRE family  26.98 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000650042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 199 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  33.33 
 
 		 220 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 528 aa  41.6  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 205 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 147 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3947  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  30.91 
 
 		 215 aa  41.6  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 212 aa  41.2  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 129 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>