106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0763 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  100 
 
 		 130 aa  258  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 132 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  56.45 
 
 		 132 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  56.67 
 
 		 132 aa  140  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 133 aa  139  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 133 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2831  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182633  normal  0.128352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  51.39 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1947  transcriptional regulator protein  37.07 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  38.71 
 
 		 209 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 222 aa  51.2  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  31.65 
 
 		 233 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  41.67 
 
 		 436 aa  51.6  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  31.65 
 
 		 233 aa  50.8  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  31.65 
 
 		 233 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  35.38 
 
 		 235 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 170 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  32.91 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  36.36 
 
 		 213 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  34.25 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0666  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 150 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  32.74 
 
 		 227 aa  47  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  34.25 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  26.88 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  30.68 
 
 		 114 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  26.88 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 106 aa  45.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  34.38 
 
 		 240 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  32.86 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  34.38 
 
 		 240 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 114 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 206 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 142 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 229 aa  44.7  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 273 aa  44.7  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  30.93 
 
 		 163 aa  44.7  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  37.36 
 
 		 265 aa  44.3  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  34.85 
 
 		 239 aa  44.3  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  32.88 
 
 		 109 aa  44.3  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 		 151 aa  44.3  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  35.62 
 
 		 219 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  33.33 
 
 		 263 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0962  DNA-binding protein  25.83 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2265  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000780415  unclonable  0.00000217866 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 209 aa  42.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 204 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0407  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0400  putative HTH-type transcriptional regulator  32 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.06586  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 260 aa  42.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 321 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 135 aa  41.6  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 120 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 183 aa  42  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 120 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 120 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 138 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  56.41 
 
 		 363 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  56.41 
 
 		 345 aa  42  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 137 aa  42  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  56.41 
 
 		 368 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  30.14 
 
 		 135 aa  41.6  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  32.98 
 
 		 209 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  30.99 
 
 		 243 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  27.37 
 
 		 134 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 128 aa  41.6  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 119 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  33.64 
 
 		 233 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  25.56 
 
 		 214 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 210 aa  41.6  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  40 
 
 		 230 aa  41.2  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  32.35 
 
 		 293 aa  41.2  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08220  DNA-binding protein RDGA  36.51 
 
 		 196 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 161 aa  41.2  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 395 aa  41.2  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  33.67 
 
 		 236 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 		 320 aa  40.8  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 312 aa  40.8  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 197 aa  40.4  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 132 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>