129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1185 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  100 
 
 		 363 aa  737    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  93.66 
 
 		 345 aa  682    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  92.93 
 
 		 368 aa  679    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  61.68 
 
 		 323 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  55.85 
 
 		 336 aa  398  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  57.58 
 
 		 336 aa  391  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  57.81 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  54.55 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  57.26 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  54.55 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  56.99 
 
 		 334 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  54.55 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  54.55 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  54.42 
 
 		 337 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  54.55 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  54.55 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  56.99 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  57.53 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  54.27 
 
 		 337 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  52.04 
 
 		 327 aa  350  3e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  52.6 
 
 		 334 aa  331  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  51.51 
 
 		 332 aa  325  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  51.37 
 
 		 323 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  35.04 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  33.94 
 
 		 393 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  35.16 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  31.22 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  30.51 
 
 		 321 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  27.22 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  30.37 
 
 		 325 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  30.95 
 
 		 356 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  29.81 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  28.45 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  29.81 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  30.58 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  28.61 
 
 		 376 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  28.46 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  27.88 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  28.27 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  27.78 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  28.3 
 
 		 336 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  29.31 
 
 		 361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  28.65 
 
 		 364 aa  112  9e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  26.4 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  28.49 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  24.65 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  26.78 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  26.65 
 
 		 331 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  24.24 
 
 		 318 aa  89.7  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  25.84 
 
 		 360 aa  86.3  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  26.55 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  25.84 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  46.15 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  46.15 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  40 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  38.54 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  33.13 
 
 		 448 aa  68.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  40.98 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  25.67 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  23.32 
 
 		 380 aa  66.2  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  40 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  28.24 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  28.02 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  26.57 
 
 		 263 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.59 
 
 		 338 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  28.49 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  28.49 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  44.87 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  28.16 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 334 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  37.66 
 
 		 362 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  37.66 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  37.66 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  21.07 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  37.66 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  37.66 
 
 		 387 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  37.66 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  37.66 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  37.66 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2869  hypothetical protein  31.87 
 
 		 299 aa  57  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  29.93 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  29.17 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  29.17 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 325 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  25.14 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 342 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 325 aa  55.1  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  33.64 
 
 		 288 aa  55.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1997  hypothetical protein  30.26 
 
 		 304 aa  53.5  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 196 aa  53.1  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>