120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4253 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  100 
 
 		 330 aa  665    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  29.21 
 
 		 393 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  33.83 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  30 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  32.45 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  28.9 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 345 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  30.87 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  30 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.35 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  27.5 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  27.13 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  26.81 
 
 		 336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  28.21 
 
 		 356 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  28.29 
 
 		 375 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  27.95 
 
 		 374 aa  125  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  29.34 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  28.77 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  28.4 
 
 		 363 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  28.65 
 
 		 361 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  28.65 
 
 		 361 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  28.09 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  28.45 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  31.29 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  28.57 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.1 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  27.41 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  28.09 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  26.13 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  27.11 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  27.11 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  27.11 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  27.11 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  27.11 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  28.4 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  25.68 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  29.43 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  31.44 
 
 		 310 aa  116  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  28.09 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  27.48 
 
 		 340 aa  113  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  29.05 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  27 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  29.02 
 
 		 336 aa  106  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  26.39 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  24.62 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  24.47 
 
 		 334 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  26.94 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  26.94 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  25.3 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  26.41 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  23.58 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  23.03 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  25.32 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  22.87 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  34.69 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 352 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  24.13 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  24.84 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  31.33 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  33.75 
 
 		 375 aa  62  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  30.67 
 
 		 189 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  24.67 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  33.6 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  33.6 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  24.81 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  24.81 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.36 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  24.38 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  36.62 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  36.62 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  36.62 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  36.62 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  36.62 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  36.62 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  36.62 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  38.03 
 
 		 360 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1500  hypothetical protein  29.66 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.342716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  32.93 
 
 		 448 aa  54.3  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 339 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 325 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 339 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 343 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 338 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 338 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 334 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 		 335 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  24.33 
 
 		 271 aa  52.8  0.000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  23.86 
 
 		 311 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 196 aa  52  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 369 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1423  hypothetical protein  30.14 
 
 		 318 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.41572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 362 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 342 aa  49.7  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3643  heat shock protein DnaJ domain protein  35.29 
 
 		 511 aa  49.3  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129594  normal  0.0124484 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>